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- PDB-2l4n: Solution Structure of the Chemokine CCL21 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l4n
タイトルSolution Structure of the Chemokine CCL21
要素C-C motif chemokine 21
キーワードCYTOKINE / SLC / 6Ckine / Exodus-2 / CCR7 / Chemokine
機能・相同性
機能・相同性情報


mesangial cell-matrix adhesion / dendritic cell dendrite assembly / negative regulation of dendritic cell dendrite assembly / CCR7 chemokine receptor binding / positive regulation of myeloid dendritic cell chemotaxis / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / response to prostaglandin E / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / establishment of T cell polarity ...mesangial cell-matrix adhesion / dendritic cell dendrite assembly / negative regulation of dendritic cell dendrite assembly / CCR7 chemokine receptor binding / positive regulation of myeloid dendritic cell chemotaxis / chemokine (C-C motif) ligand 21 signaling pathway / positive regulation of dendritic cell antigen processing and presentation / response to prostaglandin E / negative regulation of leukocyte tethering or rolling / establishment of T cell polarity / positive regulation of glycoprotein biosynthetic process / chemokine receptor binding / immunological synapse formation / positive regulation of T cell chemotaxis / positive regulation of pseudopodium assembly / CCR chemokine receptor binding / lymphocyte chemotaxis / positive regulation of chemotaxis / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / cellular response to chemokine / ruffle organization / chemokine-mediated signaling pathway / positive regulation of neutrophil chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / positive regulation of cell motility / chemokine activity / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / dendritic cell chemotaxis / positive regulation of filopodium assembly / positive regulation of cell-matrix adhesion / positive regulation of actin filament polymerization / monocyte chemotaxis / positive regulation of T cell migration / cellular response to interleukin-1 / release of sequestered calcium ion into cytosol / cell maturation / T cell costimulation / neutrophil chemotaxis / cell chemotaxis / positive regulation of JNK cascade / cellular response to type II interferon / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cell-cell signaling / cellular response to tumor necrosis factor / G alpha (i) signalling events / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / inflammatory response / immune response / G protein-coupled receptor signaling pathway / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chemokine CC, DCCL motif-cointaining domain / Chemokine beta/gamma/delta / Intercrine alpha family (small cytokine C-X-C) (chemokine CXC). / Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 21
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Veldkamp, C.T. / Peterson, F.C. / Love, M. / Sandberg, J.L.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2012
タイトル: Solution structure of CCL21 and identification of a putative CCR7 binding site.
著者: Love, M. / Sandberg, J.L. / Ziarek, J.J. / Gerarden, K.P. / Rode, R.R. / Jensen, D.R. / McCaslin, D.R. / Peterson, F.C. / Veldkamp, C.T.
履歴
登録2010年10月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月16日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 21


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,5201
ポリマ－12,5201
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 C-C motif chemokine 21 / 6Ckine / Beta-chemokine exodus-2 / Secondary lymphoid-tissue chemokine / SLC / Small-inducible cytokine A21


分子量: 12519.618 Da / 分子数: 1 / 断片: CCL21 (UNP RESIDUES 24-134) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CCL21, RP11-195F19.22-001, SCYA21, UNQ784/PRO1600
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00585

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
1213D 13C-separated NOESY
1313D 13C-separated NOESY (AROMATIC)

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試料調製

詳細内容: 0.500 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CCL21/SLC/6Ckine/Exodus-2, 10 % D2O, 25 mM [U-2H] MES, 0.02 % sodium azide, 90% H2O, 10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.500 mMCCL21/SLC/6Ckine/Exodus-2-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
10 %D2O-21
25 mMMES-3[U-2H]1
0.02 %sodium azide-41
試料状態イオン強度: 21 mM / pH: 6.1 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.データ解析
GARANTBartels, Guntert, Billeter and Wuthrichchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
XwinNMRBruker Biospincollection
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT
ソフトェア番号: 1
詳細: CCL21 STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 743 NOE CONSTRAINTS (355 INTRA, 170 SEQUENTIAL, 64 MEDIUM, 154 LONG RANGE AND 90 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS)
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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