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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2l47 | ||||||
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タイトル | Solution structure of the PlyG catalytic domain | ||||||
![]() | N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Bacillus anthracis gamma-phage endolysin / PlyG / amidase-2 family / Zn-dependent peptidoglycan amidase / catalytic domain | ||||||
機能・相同性 | ![]() N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / establishment of competence for transformation / peptidoglycan turnover / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / defense response to bacterium 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | 溶液NMR / AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT | ||||||
![]() | Volkman, B.F. / Dias, J.S. / Peterson, F.C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Tbd 著者: Dias, J.S. / Peterson, F.C. / Volkman, B.F. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 930.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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NMR アンサンブル |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18554.877 Da / 分子数: 1 / 断片: catalytic domain, residues 1-165 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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試料調製
詳細 | 内容: 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] PlyG, 10 mM [U-99% 2H] Bis-Tris, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 13 / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz |
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解析
NMR software |
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精密化 | 手法: AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT ソフトェア番号: 1 詳細: STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 3503 NOE CONSTRAINTS (634 INTRA, 594 SEQUENTIAL, 750 MEDIUM and 1525 LONG RANGE CONSTRAINTS) AND 216 PHI AND PSI DIHEDRAL ANGLE CONSTRAINTS. | ||||||||||||||||||||||||||||
NMR constraints | NOE constraints total: 3503 / NOE intraresidue total count: 634 / NOE long range total count: 1525 / NOE medium range total count: 750 / NOE sequential total count: 594 | ||||||||||||||||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||||||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |