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- PDB-2l3q: Structure of the prolyl trans isomer of the Crk Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l3q
タイトルStructure of the prolyl trans isomer of the Crk Protein
要素Trans isomer of Crk protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / adapter protein
機能・相同性
機能・相同性情報


ARMS-mediated activation / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / MET activates RAP1 and RAC1 / MET receptor recycling / Regulation of signaling by CBL / regulation of intracellular signal transduction / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / negative regulation of wound healing / Downstream signal transduction / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins ...ARMS-mediated activation / PTK6 Regulates RHO GTPases, RAS GTPase and MAP kinases / MET activates RAP1 and RAC1 / MET receptor recycling / Regulation of signaling by CBL / regulation of intracellular signal transduction / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / negative regulation of wound healing / Downstream signal transduction / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / VEGFA-VEGFR2 Pathway / negative regulation of cell motility / regulation of GTPase activity / enzyme-linked receptor protein signaling pathway / ephrin receptor signaling pathway / ephrin receptor binding / signaling adaptor activity / phosphotyrosine residue binding / positive regulation of substrate adhesion-dependent cell spreading / SH2 domain binding / regulation of actin cytoskeleton organization / receptor tyrosine kinase binding / SH3 domain binding / cell migration / regulation of cell shape / actin cytoskeleton organization / protein-containing complex / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain ...CRK, N-terminal SH3 domain / CRK, C-terminal SH3 domain / : / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / SH2 domain / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2 domain / Src homology 3 domains / SH3 type barrels. / SH2 domain superfamily / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Adapter molecule crk
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Kalodimos, C. / Sarkar, P. / Saleh, T. / Tzeng, S. / Birge, R.
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2011
タイトル: Structural basis for regulation of the Crk signaling protein by a proline switch.
著者: Sarkar, P. / Saleh, T. / Tzeng, S.R. / Birge, R.B. / Kalodimos, C.G.
履歴
登録2010年9月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trans isomer of Crk protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,7321
ポリマ－8,7321
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Trans isomer of Crk protein / Proto-oncogene c-Crk / p38


分子量: 8731.954 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: CRK / プラスミド: pGex / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q04929

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY
1913D 1H-15N TOCSY
11013D HN(CO)CA

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試料調製

詳細内容: 0.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] rtkh protein, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 0.6 mM / 構成要素: rtkh protein / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態イオン強度: 0.14 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 295 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software名称: ARIA / バージョン: 1.2 / 開発者: Linge, O'Donoghue and Nilges / 分類: 精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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