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- PDB-2l3d: The solution structure of the short form SWIRM domain of LSD1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l3d
タイトルThe solution structure of the short form SWIRM domain of LSD1
要素Lysine-specific histone demethylase 1A
キーワードTRANSCRIPTION / LSD1 / SWIRM
機能・相同性
機能・相同性情報


guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / neuron maturation / muscle cell development ...guanine metabolic process / negative regulation of transcription initiation-coupled chromatin remodeling / protein demethylation / [histone H3]-N6,N6-dimethyl-L-lysine4 FAD-dependent demethylase / FAD-dependent H3K4me/H3K4me3 demethylase activity / demethylase activity / telomeric repeat-containing RNA binding / histone H3K4 demethylase activity / neuron maturation / muscle cell development / positive regulation of neural precursor cell proliferation / MRF binding / regulation of androgen receptor signaling pathway / DNA repair complex / negative regulation of DNA binding / nuclear androgen receptor binding / regulation of double-strand break repair via homologous recombination / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / positive regulation of neuroblast proliferation / DNA repair-dependent chromatin remodeling / positive regulation of stem cell proliferation / histone H3K9 demethylase activity / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / histone demethylase activity / positive regulation of cell size / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / response to fungicide / NR1H3 & NR1H2 regulate gene expression linked to cholesterol transport and efflux / cellular response to cAMP / negative regulation of protein binding / epigenetic regulation of gene expression / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of protein ubiquitination / HDACs deacetylate histones / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / promoter-specific chromatin binding / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / cellular response to gamma radiation / cerebral cortex development / positive regulation of neuron projection development / cellular response to UV / p53 binding / flavin adenine dinucleotide binding / regulation of protein localization / positive regulation of cold-induced thermogenesis / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / Potential therapeutics for SARS / transcription coactivator activity / chromosome, telomeric region / oxidoreductase activity / negative regulation of DNA-templated transcription / chromatin binding / regulation of transcription by RNA polymerase II / chromatin / enzyme binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Histone lysine-specific demethylase / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily ...Histone lysine-specific demethylase / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / : / Amine oxidase / Flavin containing amine oxidoreductase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Lysine-specific histone demethylase 1A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Liu, C. / Lo, K. / Zhu, G. / Sze, K.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The chemical shift assignment of the SWIRM domain of LSD1
著者: Liu, C. / Luo, R. / Sze, K.
履歴
登録2010年9月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific histone demethylase 1A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,7651
ポリマ－11,7651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Lysine-specific histone demethylase 1A


分子量: 11765.438 Da / 分子数: 1 / 断片: SWIRM domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O60341

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D HBHA(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D C(CO)NH
1923D (H)CCH-TOCSY
11023D (H)CCH-COSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8mM [U-100% 13C; U-100% 15N] SWIRM-1, 50mM sodium phosphate-2, 50mM sodium chloride-3, 2mM DTT-4, 1mM EDTA-5, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8mM SWIRM-6, 50mM sodium phosphate-7, 50mM sodium chloride-8, 2mM DTT-9, 1mM EDTA-10, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMSWIRM-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
50 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
2 mMDTT-41
1 mMEDTA-51
0.8 mMSWIRM-62
50 mMsodium phosphate-72
50 mMsodium chloride-82
2 mMDTT-92
1 mMEDTA-102
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA7502

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Amber精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1 / 詳細: Amber
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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