PDB-2l2r: Helical hairpin structure of a novel antimicrobial peptide EcAMP1...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2l2r

タイトル

Helical hairpin structure of a novel antimicrobial peptide EcAMP1 from seeds of barnyard grass (Echinochloa crus-galli)

要素

Antimicrobial peptide EcAMP1

キーワード

ANTIMICROBIAL PROTEIN / disulfide-stabilized helical hairpin / antifungal peptide / antimicrobial peptide

生物種

Echinochloa crus-galli (イヌビエ)

手法

溶液NMR / simulated annealing

Model details

fewest violations, model 1

データ登録者

Nolde, S.B. / Barinov, N.A. / Balashova, T.A. / Arseniev, A.S. / Vassilevski, A.A. / Rogozhin, E.A. / Egorov, T.A. / Grishin, E.V.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Disulfide-stabilized Helical Hairpin Structure and Activity of a Novel Antifungal Peptide EcAMP1 from Seeds of Barnyard Grass (Echinochloa crus-galli).
著者: Nolde, S.B. / Vassilevski, A.A. / Rogozhin, E.A. / Barinov, N.A. / Balashova, T.A. / Samsonova, O.V. / Baranov, Y.V. / Feofanov, A.V. / Egorov, T.A. / Arseniev, A.S. / Grishin, E.V.

履歴

登録	2010年8月26日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2011年5月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年8月3日	Group: Database references
改定 1.3	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.4	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2l2r.cif.gz	224 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2l2r.ent.gz	187.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2l2r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2l2r_validation.pdf.gz	449.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2l2r_full_validation.pdf.gz	547.4 KB	表示
XML形式データ	2l2r_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	2l2r_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/2l2r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/2l2r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	6dk5-d 2m8j-d 1ryq-d 1hy9-d 5nvp-d 1y7k-d 7jxn-1 5w4i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細)
その他のデータベース	BMRB: 17152

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Antimicrobial peptide EcAMP1

4.29 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	fewest violations

#1: タンパク質・ペプチド	Antimicrobial peptide EcAMP1 分子量: 4288.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Echinochloa crus-galli (イヌビエ) / 器官: SEED
Has protein modification	Y

-
実験

実験

手法: 溶液NMR
詳細: Micromolar concentrations of EcAMP1 were shown to inhibit growth of several fungal phytopathogens.

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-1H NOESY
1	2	1	2D 1H-1H TOCSY
1	3	1	2D DQF-COSY

-
試料調製

詳細

内容: 0.7 mg/mL EcAMP1, 10 mM KOH, 95% H2O/5% D2O / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Solution-ID
0.7 mg/mL	EcAMP1-1	1
10 mM	KOH-2	1

試料状態

イオン強度: 10 / pH: 6.62 / 圧: 1 atm / 温度: 293 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	構造決定
CYANA	2.1	Guntert, Mumenthaler and Wuthrich	精密化

精密化

手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Simulated annealing in torsion angle space implemented in CYANA

NMR constraints

NOE constraints total: 211 / NOE intraresidue total count: 87 / NOE long range total count: 25 / NOE medium range total count: 33 / NOE sequential total count: 66 / Disulfide bond constraints total count: 6 / Protein chi angle constraints total count: 15 / Protein phi angle constraints total count: 27

代表構造

選択基準: fewest violations

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)