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万見
- PDB-2l2i: NMR Structure of the complex between the Tfb1 subunit of TFIIH an... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l2i
タイトルNMR Structure of the complex between the Tfb1 subunit of TFIIH and the activation domain of EKLF
要素
  • Krueppel-like factor 1
  • RNA polymerase II transcription factor B subunit 1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription Factor TFIIH / Erythroid Kruppel-Like Factor EKLF / Activator / Protein Structure / Mutation / Gene Expression Regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphatidylinositol-5-phosphate binding / cellular response to peptide / nucleotide-excision repair factor 3 complex / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes ...phosphatidylinositol-5-phosphate binding / cellular response to peptide / nucleotide-excision repair factor 3 complex / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / mRNA Capping / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / RNA Polymerase I Promoter Escape / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Dual incision in TC-NER / maternal process involved in female pregnancy / transcription by RNA polymerase I / ubiquitin binding / erythrocyte differentiation / nucleotide-excision repair / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / protein destabilization / ubiquitin-dependent protein catabolic process / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA repair / regulation of transcription by RNA polymerase II / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Krueppel-like factor 1, transactivation domain 2 / Krueppel-like factor 1, transactivation domain 1 / Erythroid krueppel-like transcription factor, transactivation 1 / Erythroid krueppel-like transcription factor, transactivation 2 / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain ...Krueppel-like factor 1, transactivation domain 2 / Krueppel-like factor 1, transactivation domain 1 / Erythroid krueppel-like transcription factor, transactivation 1 / Erythroid krueppel-like transcription factor, transactivation 2 / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 / Krueppel-like factor 1
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Mas, C. / Di Lello, P. / Lafrance-Vanasse, J. / Omichinski, J.G.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR Structure of the complex between the Tfb1 subunit of TFIIH and the activation domain of EKLF
著者: Mas, C. / Lussier-Price, M. / Morse, T. / Arsenault, G. / Di Lello, P. / Soni, S. / Lafrance-Vanasse, J. / Bieker, J.J. / Omichinski, J.G.
履歴
登録2010年8月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年7月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA polymerase II transcription factor B subunit 1
B: Krueppel-like factor 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,3622
ポリマ－17,3622
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA polymerase II transcription factor B subunit 1 / General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 / TFIIH subunit TFB1 / RNA polymerase ...General transcription and DNA repair factor IIH subunit TFB1 / TFIIH subunit TFB1 / RNA polymerase II transcription factor B 73 kDa subunit / RNA polymerase II transcription factor B p73 subunit


分子量: 12903.701 Da / 分子数: 1 / 断片: PH domain (UNP residues 2-115) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: D9740.3, TFB1, YDR311W / プラスミド: pGEX-2TK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Topp2 / 参照: UniProt: P32776
#2: タンパク質・ペプチド Krueppel-like factor 1 / Erythroid krueppel-like transcription factor / EKLF


分子量: 4458.609 Da / 分子数: 1 / 断片: Transactivation Domain (UNP residues 51-90) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EKLF, KLF1 / プラスミド: pGEX-2TK / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Topp2 / 参照: UniProt: Q13351

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-15N HSQC
1362D 1H-13C HSQC
1442D 1H-13C HSQC
1523D HNCO
1653D HNCO
1723D HN(CA)CB
1853D HN(CA)CB
1923D HBHA(CO)NH
11053D HBHA(CO)NH
11163D (H)CCH-TOCSY
11243D (H)CCH-TOCSY
11363D (H)CCH-COSY
11443D (H)CCH-COSY
11513D 1H-15N NOESY
11633D 1H-15N NOESY
11763D 1H-13C NOESY
11843D 1H-13C NOESY
11963D 15N-13C-FILTERED-NOESY
12043D 15N-13C-FILTERED-NOESY
12123D CCC-TOCSY
12253D CCC-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] Tfb1, 2 mM EKLF, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 2 mM EKLF, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.6 mM [U-100% 15N] EKLF, 1.2 mM Tfb1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] EKLF, 1.2 mM Tfb1, 100% D2O100% D2O
50.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] EKLF, 1.2 mM Tfb1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
61 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Tfb1, 2 mM EKLF, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMTfb1-1[U-100% 15N]1
2 mMEKLF-21
1 mMTfb1-3[U-100% 13C; U-100% 15N]2
2 mMEKLF-42
0.6 mMEKLF-5[U-100% 15N]3
1.2 mMTfb1-63
0.6 mMEKLF-7[U-100% 13C; U-100% 15N]4
1.2 mMTfb1-84
0.6 mMEKLF-9[U-100% 13C; U-100% 15N]5
1.2 mMTfb1-105
1 mMTfb1-11[U-100% 13C; U-100% 15N]6
2 mMEKLF-126
試料状態イオン強度: 20mM Sodium Phosphate / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityVarianUNITY5001
Varian UnityVarianUNITY6002
Varian UnityVarianUNITY8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxchemical shift calculation
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
AQUARullmann, Doreleijers and Kapteinデータ解析
VNMRVariancollection
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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