#241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)
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集合体
登録構造単位
A: THAP domain-containing protein 1 B: DNA (5'-D(*GP*CP*TP*TP*GP*TP*GP*TP*GP*GP*GP*CP*AP*GP*CP*G)-3') C: DNA (5'-D(P*CP*GP*CP*TP*GP*CP*CP*CP*AP*CP*AP*CP*AP*AP*GP*C)-3') ヘテロ分子
手法: Rigid body docking, Semi flexible simulated annealing, Water refinement ソフトェア番号: 1 詳細: HADDOCK (it0), HADDOCK (it1), HADDOCK (water refinement) done with 49 1D(HN-N) RDCs and 49 1D(CACO) RDCs
NMR constraints
NOE constraints total: 2518 / NOE intraresidue total count: 517 / NOE long range total count: 39 / NOE medium range total count: 974 / NOE sequential total count: 974 / Hydrogen bond constraints total count: 136 / Protein phi angle constraints total count: 78 / Protein psi angle constraints total count: 78
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations 計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 17 / 代表コンフォーマー: 1