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- PDB-2l1c: Shc-PTB:biphosphorylated integrin beta3 cytoplasmic tail complex (1:1) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l1c
タイトルShc-PTB:biphosphorylated integrin beta3 cytoplasmic tail complex (1:1)
要素
  • Integrin beta-3Integrin beta 3
  • SHC (Src homology 2 domain containing) transforming protein 1, isoform CRA_d
キーワードCELL ADHESION (細胞接着) / Shc-PTB / integrin beta3 (インテグリン) / cytoplasmic tail
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of superoxide metabolic process / : / : / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / tube development / ERBB2 signaling pathway / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration ...regulation of superoxide metabolic process / : / : / positive regulation of cell proliferation in bone marrow / tube development / ERBB2 signaling pathway / regulation of serotonin uptake / positive regulation of adenylate cyclase-inhibiting opioid receptor signaling pathway / alpha9-beta1 integrin-ADAM8 complex / regulation of trophoblast cell migration / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor diffusion trapping / alphav-beta3 integrin-vitronectin complex / regulation of extracellular matrix organization / platelet alpha granule membrane / positive regulation of glomerular mesangial cell proliferation / integrin alphav-beta3 complex / negative regulation of lipoprotein metabolic process / interleukin-2-mediated signaling pathway / XBP1(S) activates chaperone genes / alphav-beta3 integrin-PKCalpha complex / maintenance of postsynaptic specialization structure / fibrinogen binding / alphav-beta3 integrin-HMGB1 complex / blood coagulation, fibrin clot formation / negative regulation of lipid transport / vascular endothelial growth factor receptor 2 binding / neurotrophin TRKA receptor binding / glycinergic synapse / negative regulation of low-density lipoprotein receptor activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / angiogenesis involved in wound healing / Elastic fibre formation / cell-substrate junction assembly / interleukin-15-mediated signaling pathway / regulation of epidermal growth factor-activated receptor activity / mesodermal cell differentiation / alphav-beta3 integrin-IGF-1-IGF1R complex / transmembrane receptor protein tyrosine kinase adaptor activity / platelet-derived growth factor receptor binding / filopodium membrane / extracellular matrix binding / positive regulation of fibroblast migration / positive regulation of Ras protein signal transduction / Interleukin-15 signaling / regulation of postsynaptic neurotransmitter receptor internalization / positive regulation of vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / apolipoprotein A-I-mediated signaling pathway / regulation of bone resorption / apoptotic cell clearance / wound healing, spreading of epidermal cells / positive regulation of cell adhesion mediated by integrin / heterotypic cell-cell adhesion / integrin complex / regulation of growth / Interleukin-2 signaling / Shc-EGFR complex / Molecules associated with elastic fibres / epidermal growth factor binding / positive regulation of cell-matrix adhesion / cellular response to insulin-like growth factor stimulus / smooth muscle cell migration / microvillus membrane / cell adhesion mediated by integrin / Syndecan interactions / negative chemotaxis / epidermal growth factor receptor binding / Signaling by ALK / leukocyte migration / p130Cas linkage to MAPK signaling for integrins / activation of protein kinase activity / cellular response to platelet-derived growth factor stimulus / cell-substrate adhesion / protein disulfide isomerase activity / positive regulation of smooth muscle cell migration / IRE1-mediated unfolded protein response / positive regulation of osteoblast proliferation / TGF-beta receptor signaling activates SMADs / Fc-epsilon receptor signaling pathway / PECAM1 interactions / lamellipodium membrane / GRB2:SOS provides linkage to MAPK signaling for Integrins / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / fibronectin binding / RET signaling / Activated NTRK3 signals through RAS / Activated NTRK2 signals through RAS / Interleukin-3, Interleukin-5 and GM-CSF signaling / ECM proteoglycans / SHC1 events in ERBB4 signaling / Signalling to RAS / positive regulation of T cell migration / positive regulation of bone resorption / SHC-related events triggered by IGF1R / Integrin cell surface interactions / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Signal attenuation / Interleukin receptor SHC signaling / SHC-mediated cascade:FGFR3
類似検索 - 分子機能
SHC-transforming protein 1 / Phosphotyrosine interaction domain, Shc-like / SH2 adaptor protein C, SH2 domain / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain ...SHC-transforming protein 1 / Phosphotyrosine interaction domain, Shc-like / SH2 adaptor protein C, SH2 domain / Phosphotyrosine interaction domain (PTB/PID) / Phosphotyrosine interaction domain (PID) profile. / Phosphotyrosine-binding domain, phosphotyrosine-interaction (PI) domain / PTB/PI domain / Integrin beta, epidermal growth factor-like domain 1 / Integrin beta epidermal growth factor like domain 1 / Integrin beta subunit, cytoplasmic domain / Integrin beta cytoplasmic domain / Integrin_b_cyt / Integrin beta tail domain / Integrin beta subunit, tail / Integrin beta tail domain superfamily / Integrin_B_tail / Integrin beta subunit, VWA domain / Integrin beta subunit / Integrin beta N-terminal / Integrin beta chain VWA domain / Integrin plexin domain / Integrins beta chain cysteine-rich domain signature. / Integrin beta subunits (N-terminal portion of extracellular region) / EGF-like domain, extracellular / EGF様ドメイン / Integrin domain superfamily / PSI domain / domain found in Plexins, Semaphorins and Integrins / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / von Willebrand factor A-like domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / SH2ドメイン / Src homology 2 (SH2) domain profile. / Src homology 2 domains / SH2ドメイン / SH2 domain superfamily / PH-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
SHC-transforming protein 1 / Integrin beta-3 / SHC-transforming protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Deshmukh, L. / Gorbatyuk, V. / Vinogradova, O.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: Integrin {beta}3 phosphorylation dictates its complex with the Shc phosphotyrosine-binding (PTB) domain.
著者: Deshmukh, L. / Gorbatyuk, V. / Vinogradova, O.
履歴
登録2010年7月27日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年4月18日Group: Database references

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SHC (Src homology 2 domain containing) transforming protein 1, isoform CRA_d
B: Integrin beta-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,4522
ポリマ－26,4522
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 80structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 SHC (Src homology 2 domain containing) transforming protein 1, isoform CRA_d


分子量: 23167.484 Da / 分子数: 1 / 断片: PTB domain (UNP residues 17-207) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SHC1, hCG_1997126 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: D3DV78, UniProt: P29353*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Integrin beta-3 / Integrin beta 3 / Platelet membrane glycoprotein IIIa / GPIIIa


分子量: 3284.377 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 762-788 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized based on the sequence of the human integrin beta3 cytoplasmic tail (representing residues 736R-762G)
参照: UniProt: P05106

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D HBHA(CO)NH
1713D 1H-15N edited NOESY
1813D 1H-13C edited NOESY
1913D HN(CA)CO
11013D 1H-13C aromatic NOESY
11112D 13C,15N FilteredTOCSY
11212D 13C,15N Filtered NOESY
11313D F1 13C,15N Filtered, F2 13C edited NOESY-HSQC

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試料調製

詳細内容: 0.4 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Shc, 0.8 mM integrin beta3, 5 mM DTT, 50 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 1 mM DSS, 93% H2O/7% D2O
溶媒系: 93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMentity_1-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.8 mMentity_2-21
5 mMDTT-31
50 mMsodium chloride-41
50 mMsodium phosphate-51
1 mMDSS-61
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.21Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMRJVariancollection
CCPN-Analysis2.1.3(CCPN-Analysis)-Vranken,Boucher, Stevens, Fogh, Pajon,Llinas,Ulrich,Markley,Ionides,Laueデータ解析
CCPN-Analysis2.1.3(CCPN-Analysis)-Vranken,Boucher, Stevens, Fogh, Pajon,Llinas,Ulrich,Markley,Ionides,Lauepeak picking
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: refinement in explicit water
NMR constraintsNOE constraints total: 4196 / NOE intraresidue total count: 1793 / NOE medium range total count: 1704 / NOE sequential total count: 699 / Hydrogen bond constraints total count: 166
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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