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万見
- PDB-2l08: Solution NMR Structure of Nonsense mRNA reducing factor 3A from H... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l08
タイトルSolution NMR Structure of Nonsense mRNA reducing factor 3A from H. Sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR4714B
要素Regulator of nonsense transcripts 3A
キーワードTRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / NESG / Nonsense regulator / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / exon-exon junction complex / telomeric DNA binding / mRNA transport / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / positive regulation of translation / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / 精子形成 / in utero embryonic development ...negative regulation of nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / positive regulation of mRNA cis splicing, via spliceosome / exon-exon junction complex / telomeric DNA binding / mRNA transport / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / positive regulation of translation / Regulation of expression of SLITs and ROBOs / 精子形成 / in utero embryonic development / neuron projection / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / 核小体 / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nonsense-mediated mRNA decay protein 3 / Smg-4/UPF3 family / UPF3 domain / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Regulator of nonsense transcripts 3A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Mani, R. / Mao, L. / Ciccosanti, C. / Shastry, R. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Swapna, G.V.T. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of Nonsense mRNA reducing factor 3A from H. Sapiens, Northeast Structural Genomics Consortium Target HR4714B
著者: Mani, R. / Mao, L. / Ciccosanti, C. / Shastry, R. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Swapna, G.V.T. / Everett, J.K. / Montelione, G.T.
履歴
登録2010年6月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Regulator of nonsense transcripts 3A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5961
ポリマ－11,5961
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Regulator of nonsense transcripts 3A / Nonsense mRNA reducing factor 3A / Up-frameshift suppressor 3 homolog A / hUpf3


分子量: 11596.175 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 70-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UPF3A, RENT3A, UPF3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ magic / 参照: UniProt: Q9H1J1

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: HR4714B is a 97 residue protein consisiting of a 10 residue N-terminal tag. N-HSQC spectrum shows only 71 peaks out of the 87 peaks (excluding tag) that are expected. The line broeadening of ...詳細: HR4714B is a 97 residue protein consisiting of a 10 residue N-terminal tag. N-HSQC spectrum shows only 71 peaks out of the 87 peaks (excluding tag) that are expected. The line broeadening of the peaks occur from residue D45 to S54. Also, M11, R16, S81 NH's are missing from N-HSQC spectrum. The reason for line broadening is not known.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1312D 1H-13C HSQC
1412D 1H-13C HSQC
1522D 1H-13C HSQC
1613D CBCA(CO)NH
1713D HNCO
1813D HNCA
1913D HN(CA)CB
11013D HBHA(CO)NH
11113D C(CO)NH-TOCSY
11213D CCH-TOCSY
11323D HNHA
11413D simul NOESY
11513D arom NOESY
NMR実験の詳細Text: The Structure was obtained using triple resonance NMR spectroscopy for backbone and side chain assignments. Automated NOESY assignments were made using Autostructure and CYANA3.0. Dihedral ...Text: The Structure was obtained using triple resonance NMR spectroscopy for backbone and side chain assignments. Automated NOESY assignments were made using Autostructure and CYANA3.0. Dihedral angle constraints were obtained using TALOS. The structure calculation was done excluding the 10-residue N-terminal tag. Completeness of assignment excluding the tag: Backbone - 80%, Sidechain - 80%. Peaks for 13 residues in NHSQC spectra are missing due to line broadening.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.82 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] HR4714B, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.9 mM [U-10% 13C; U-99% 15N] HR4714B, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.82 mMHR4714B-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.9 mMHR4714B-2[U-10% 13C; U-99% 15N]2
試料状態イオン強度: 100mM NaCl, 10mM Tris-HCl / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS2.0.6Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniachemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Final structure quality (excluding 10 residue tag) determined using PSVS-v1.4: Ordered residues are defines as: 10-19,22-34,36-45,54-72,76-94. (a) RMSD (ordered residues) all backbone aroms: ...詳細: Final structure quality (excluding 10 residue tag) determined using PSVS-v1.4: Ordered residues are defines as: 10-19,22-34,36-45,54-72,76-94. (a) RMSD (ordered residues) all backbone aroms: 0.6A. and heavy atoms 1.0A. (b) Ramachandran statistics for ordered residues: Most favored region: 85.1% Additionally favored region: 14.8% Generaously allowed region: 0.1% Disallowed region: 0.1%. (c) Procheck scores for ordered residues (RAW/Z): Phi/psi -0.73/-2.56, all -0.65/-3.84, (d) Molprobity clashscores (RAW/Z)22.41/-2.32 (e) RPF scores for the goodness fit to NOESY data: Recall: 89, Precision: 94, F-measure: 92, final dp-score - (f) RMS deviation for bond angles - 6.15, RMS deviation for bond lengths 0.01A.
NMR constraintsNOE constraints total: 1729 / NOE intraresidue total count: 281 / NOE long range total count: 333 / NOE medium range total count: 536 / NOE sequential total count: 471 / Protein phi angle constraints total count: 108 / Protein psi angle constraints total count: 108
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / Maximum lower distance constraint violation: 0.25 Å / Maximum torsion angle constraint violation: 8.5 ° / Maximum upper distance constraint violation: 1.7 Å
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.01 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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