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万見
- PDB-2l00: Solution structure of the non-covalent complex of the ZNF216 A20 ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2l00
タイトルSolution structure of the non-covalent complex of the ZNF216 A20 domain with ubiquitin
要素
  • Ubiquitin
  • Zfand5 protein (Zinc finger protein 216 (Predicted), isoform CRA_a)
キーワードMETAL BINDING PROTEIN/PEPTIDE BINDING PROTEIN / A20 domain / ZNF216 / ubiquitin / zinc finger / ubiquitin binding / METAL BINDING PROTEIN-PEPTIDE BINDING PROTEIN complex
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / : / : / Regulation of TP53 Degradation / Josephin domain DUBs / RAS processing / Regulation of PTEN localization / ER Quality Control Compartment (ERQC) ...: / : / : / : / : / Regulation of TP53 Degradation / Josephin domain DUBs / RAS processing / Regulation of PTEN localization / ER Quality Control Compartment (ERQC) / UCH proteinases / PINK1-PRKN Mediated Mitophagy / Pexophagy / Interleukin-1 signaling / Aggrephagy / Regulation of pyruvate metabolism / Peroxisomal protein import / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / ABC-family proteins mediated transport / Metalloprotease DUBs / Endosomal Sorting Complex Required For Transport (ESCRT) / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / smooth muscle tissue development / Translesion Synthesis by POLH / fibroblast migration / respiratory system process / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Recruitment and ATM-mediated phosphorylation of repair and signaling proteins at DNA double strand breaks / Termination of translesion DNA synthesis / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / vasculature development / skeletal system morphogenesis / Formation of the ternary complex, and subsequently, the 43S complex / Ribosomal scanning and start codon recognition / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / face development / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / GTP hydrolysis and joining of the 60S ribosomal subunit / Nonsense Mediated Decay (NMD) independent of the Exon Junction Complex (EJC) / Nonsense Mediated Decay (NMD) enhanced by the Exon Junction Complex (EJC) / Formation of a pool of free 40S subunits / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / L13a-mediated translational silencing of Ceruloplasmin expression / ribosomal large subunit export from nucleus / Dual incision in TC-NER / Ub-specific processing proteases / modification-dependent protein catabolic process / protein tag activity / peroxisome / ribosome biogenesis / ribosomal large subunit assembly / cytoplasmic translation / in utero embryonic development / cytosolic large ribosomal subunit / protein ubiquitination / structural constituent of ribosome / ubiquitin protein ligase binding / DNA binding / zinc ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, AN1-type / AN1-like Zinc finger / AN1-like Zinc finger / Zinc finger AN1-type profile. / AN1-like Zinc finger / Zinc finger, A20-type / A20-like zinc finger / Zinc finger A20-type profile. / A20-like zinc fingers ...: / Zinc finger, AN1-type / AN1-like Zinc finger / AN1-like Zinc finger / Zinc finger AN1-type profile. / AN1-like Zinc finger / Zinc finger, A20-type / A20-like zinc finger / Zinc finger A20-type profile. / A20-like zinc fingers / Ribosomal L40e family / Ribosomal_L40e / Ribosomal protein L40e / Ribosomal protein L40e superfamily / Phosphatidylinositol 3-kinase Catalytic Subunit; Chain A, domain 1 / : / Ubiquitin domain signature. / Ubiquitin conserved site / Ubiquitin domain / Ubiquitin-like (UB roll) / Ubiquitin family / Ubiquitin homologues / Ubiquitin domain profile. / Ubiquitin-like domain / Ubiquitin-like domain superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
AN1-type zinc finger protein 5 / Polyubiquitin / Ubiquitin-60S ribosomal protein L40
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / Rigid Body Docking, molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Garner, T.P. / Long, J.E. / Searle, M.S. / Layfield, R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Co-localisation of ubiquitin receptors ZNF216 and p62 in a ubiquitin-mediated ternary complex
著者: Garner, T.P. / Strachan, J. / Long, J.E. / Layfield, R. / Searle, M.S.
履歴
登録2010年6月29日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zfand5 protein (Zinc finger protein 216 (Predicted), isoform CRA_a)
B: Ubiquitin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1723
ポリマ－15,1072
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 500structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Zfand5 protein (Zinc finger protein 216 (Predicted), isoform CRA_a) / ZNF216-A20


分子量: 6538.265 Da / 分子数: 1 / 断片: A20 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: rCG_48158, Zfand5, Zfp216_predicted / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): c41 (DE3) / 参照: UniProt: B5DF11
#2: タンパク質 Ubiquitin


分子量: 8568.769 Da / 分子数: 1 / 断片: ubiquitin core domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PUBI-2, UBI1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): c41 (DE3) / 参照: UniProt: P61864, UniProt: P0CG63*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: NMR derived solution structure of the A20 zinc finger of ZNF216 with ubiquitin derived from NOE, PRE and RDC measurements
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1172D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1313D 1H-15N NOESY
1473D 1H-15N NOESY
1533D CBCA(CO)NH
1633D HNCO
1742D 1H-15N HSQC IPAP
1852D 1H-15N HSQC IPAP
19315N, 13C Half filtered NOESY
110615N, 13C Half filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
14 mM ZNF216-A20-1, 50 uM Zinc-2, 0.1 mM DSS-3, 5 mM TRIS-4, 50 mM sodium chloride-5, 1 mM [U-100% 15N] ubiquitin-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.0 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-7, 50 uM Zinc-8, 4 mM MTSL-9, 5 mM TRIS-10, 50 mM sodium chloride-11, 4 mM ubiquitin-12, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ZNF216-A20-13, 50 uM Zinc-14, 0.1 mM DSS-15, 5 mM TRIS-16, 50 mM sodium chloride-17, 2 mM ubiquitin-18, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
41.0 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-19, 50 uM Zinc-20, 0.1 mM DSS-21, 5 mM TRIS-22, 50 mM sodium chloride-23, 5 % Polyacrylamide gel-24, 4 mM ubiquitin-25, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
54 mM ZNF216-A20-26, 50 uM Zinc-27, 0.1 mM DSS-28, 5 mM TRIS-29, 50 mM sodium chloride-30, 5 % Polyacrylamide gel-31, 1 mM [U-100% 15N] ubiquitin-32, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
62 mM ZNF216-A20-33, 50 uM Zinc-34, 0.1 mM DSS-35, 5 mM TRIS-36, 50 mM sodium chloride-37, 1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ubiquitin-38, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
71 mM [U-100% 15N] ZNF216-A20-39, 50 uM Zinc-40, 0.1 mM DSS-41, 5 mM TRIS-42, 50 mM sodium chloride-43, 4 mM ubiquitin-44, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
4 mMZNF216-A20-11
50 uMZinc-21
0.1 mMDSS-31
5 mMTRIS-41
50 mMsodium chloride-51
1 mMubiquitin-6[U-100% 15N]1
1.0 mMZNF216-A20-7[U-100% 15N]2
50 uMZinc-82
4 mMMTSL-92
5 mMTRIS-102
50 mMsodium chloride-112
4 mMubiquitin-122
0.8 mMZNF216-A20-13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
50 uMZinc-143
0.1 mMDSS-153
5 mMTRIS-163
50 mMsodium chloride-173
2 mMubiquitin-183
1.0 mMZNF216-A20-19[U-100% 15N]4
50 uMZinc-204
0.1 mMDSS-214
5 mMTRIS-224
50 mMsodium chloride-234
5 %Polyacrylamide gel-244
4 mMubiquitin-254
4 mMZNF216-A20-265
50 uMZinc-275
0.1 mMDSS-285
5 mMTRIS-295
50 mMsodium chloride-305
5 %Polyacrylamide gel-315
1 mMubiquitin-32[U-100% 15N]5
2 mMZNF216-A20-336
50 uMZinc-346
0.1 mMDSS-356
5 mMTRIS-366
50 mMsodium chloride-376
1 mMubiquitin-38[U-100% 13C; U-100% 15N]6
1 mMZNF216-A20-39[U-100% 15N]7
50 uMZinc-407
0.1 mMDSS-417
5 mMTRIS-427
50 mMsodium chloride-437
4 mMubiquitin-447
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CcpNMR1.1.15CCPNchemical shift assignment
CcpNMR1.1.15CCPNchemical shift calculation
CcpNMR1.1.15CCPNpeak picking
CcpNMR1.1.15CCPNデータ解析
X-PLOR NIH2.14Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.14Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
HADDOCK2Cyril Dominguez, Rolf Boelens, Alexandre M.J.J. Bonvin構造決定
精密化手法: Rigid Body Docking, molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: Rigid Body docking using HADDOCK (Standard protocol), Fully flexible docking in HADDOCK by standard protocol with reduced electrostatics
NMR constraintsNOE constraints total: 38 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 0 / NOE sequential total count: 0 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 0 / Protein psi angle constraints total count: 0
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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