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- PDB-2kzt: Structure of the Tandem MA-3 Region of Pdcd4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kzt
タイトルStructure of the Tandem MA-3 Region of Pdcd4
要素(Programmed cell death protein 4) x 2
キーワードAPOPTOSIS / Pdcd4 / MA-3 / eIF4A / HEAT
機能・相同性
機能・相同性情報


epithelial to mesenchymal transition involved in cardiac fibroblast development / negative regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / BMP signaling pathway / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation ...epithelial to mesenchymal transition involved in cardiac fibroblast development / negative regulation of myofibroblast differentiation / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell differentiation / negative regulation of JUN kinase activity / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / positive regulation of endothelial cell apoptotic process / BMP signaling pathway / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Gene and protein expression by JAK-STAT signaling after Interleukin-12 stimulation / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / positive regulation of inflammatory response / cellular response to lipopolysaccharide / negative regulation of DNA-templated transcription / apoptotic process / RNA binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Programmed cell death protein 4 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat - #180 / Initiation factor eIF-4 gamma, MA3 / MA3 domain / MI domain profile. / Domain in DAP-5, eIF4G, MA-3 and other proteins. / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Programmed cell death protein 4 / Programmed cell death protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / HADDOCK
Model detailslowest HADDOCK score, model 1
データ登録者Waters, L.C. / Strong, S.L. / Oka, O. / Muskett, F.W. / Veverka, V. / Banerjee, S. / Schmedt, T. / Henry, A.J. / Klempnauer, K.H. / Carr, M.D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2011
タイトル: Structure of the tandem MA-3 region of Pdcd4 protein and characterization of its interactions with eIF4A and eIF4G: molecular mechanisms of a tumor suppressor
著者: Waters, L.C. / Strong, S.L. / Ferlemann, E. / Oka, O. / Muskett, F.W. / Veverka, V. / Banerjee, S. / Schmedt, T. / Henry, A.J. / Klempnauer, K.H. / Carr, M.D.
履歴
登録2010年6月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年11月23日Group: Advisory / Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Programmed cell death protein 4
B: Programmed cell death protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7472
ポリマ－32,7472
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)73 / 200acceptable RMSD to lowest HADDOCK score structure
代表モデルモデル #1lowest haddock score

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要素

#1: タンパク質 Programmed cell death protein 4 / Pdcd4 / Nuclear antigen H731-like / Neoplastic transformation inhibitor protein / Protein 197/15a


分子量: 17653.211 Da / 分子数: 1 / 断片: MA-3 Region, residues 157-318 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q53EL6
#2: タンパク質 Programmed cell death protein 4 / Pdcd4 / Topoisomerase-inhibitor suppressed protein / Protein MA-3


分子量: 15093.329 Da / 分子数: 1 / 断片: MA-3 Region, residues 319-449 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q61823

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Structure of the tandem MA-3 region of Pdcd4, obtained by docking the structures of the individual domains (PDB 2RG8 and 2HM8) using HADDOCK
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D CBCA(CO)NH
1213D HNCO
1322D 1H-15N HSQC
1423D 1H-15N NOESY-HSQC
1513D TROSY HN(CO)CA
1613D HNCA
1713D IPAP TROSY HNCO
1833D IPAP TROSY HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.15-0.5mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Pdcd4 MA-3 M-C; 25mM sodium phosphate; 100mM sodium chloride; 2.5mM DTT; 2.5mM TCEP; 0.05mM EDTA; 0.2mM AEBSF Protease Inhibitor; 0.02% sodium azide; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Pdcd4 MA-3 M-C; 25mM sodium phosphate; 100mM sodium chloride; 2.5mM DTT; 2.5mM TCEP; 0.05mM EDTA; 0.2mM AEBSF Protease Inhibitor; 0.02% sodium azide; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.25mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Pdcd4 MA-3 M-C; 25mM sodium phosphate; 100mM sodium chloride; 2.5mM DTT; 2.5mM TCEP; 0.05mM EDTA; 0.2mM AEBSF Protease Inhibitor; 0.02% sodium azide; 10mg/ml Pf1 phage; 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMPdcd4 MA-3 M-C-1[U-99% 13C; U-99% 15N]0.15-0.51
25 mMsodium phosphate-21
100 mMsodium chloride-31
2.5 mMDTT-41
2.5 mMTCEP-51
0.05 mMEDTA-61
0.2 mMAEBSF Protease Inhibitor-71
0.02 %sodium azide-81
0.5 mMPdcd4 MA-3 M-C-9[U-99% 13C; U-99% 15N]2
25 mMsodium phosphate-102
100 mMsodium chloride-112
2.5 mMDTT-122
2.5 mMTCEP-132
0.05 mMEDTA-142
0.2 mMAEBSF Protease Inhibitor-152
0.02 %sodium azide-162
0.25 mMPdcd4 MA-3 M-C-17[U-99% 13C; U-99% 15N]3
25 mMsodium phosphate-183
100 mMsodium chloride-193
2.5 mMDTT-203
2.5 mMTCEP-213
0.05 mMEDTA-223
0.2 mMAEBSF Protease Inhibitor-233
0.02 %sodium azide-243
10 mg/mLPf1 phage-253
試料状態イオン強度: 150 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 308 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
Sparky3.11Goddardchemical shift assignment
Sparky3.11Goddardデータ解析
HADDOCK2Cyril Dominguez, Rolf Boelens and Alexandre M.J.J. Bonvindocking
HADDOCK2Cyril Dominguez, Rolf Boelens and Alexandre M.J.J. Bonvin精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: HADDOCK / ソフトェア番号: 1 / 詳細: REFINED AS PART OF THE HADDOCK DOCKING PROTOCOL
代表構造選択基準: lowest haddock score
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: acceptable RMSD to lowest HADDOCK score structure
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 73 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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