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万見
- PDB-2kzg: A Transient and Low Populated Protein Folding Intermediate at Ato... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kzg
タイトルA Transient and Low Populated Protein Folding Intermediate at Atomic Resolution
要素Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A
キーワードPROTEIN BINDING / folding intermediate / low populated / relaxation dispersion / cpmg
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cis splicing, via spliceosome / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / cytoskeleton organization / mRNA Splicing - Major Pathway / regulation of cytokinesis / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / cell migration / regulation of cell shape ...mRNA cis splicing, via spliceosome / U1 snRNP / U2-type prespliceosome / cytoskeleton organization / mRNA Splicing - Major Pathway / regulation of cytokinesis / nuclear matrix / mRNA splicing, via spliceosome / cell migration / regulation of cell shape / nuclear speck / cell cycle / cell division / RNA binding / nucleoplasm / membrane
類似検索 - 分子機能
FF domain / Pre-mRNA-processing factor Prp40 / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily ...FF domain / Pre-mRNA-processing factor Prp40 / FF domain / FF domain / FF domain superfamily / FF domain profile. / Contains two conserved F residues / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / Monte Carlo
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Korzhnev, D.M. / Religa, T.L. / Banachewicz, W. / Fersht, A.R. / Kay, L.E.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: A transient and low-populated protein-folding intermediate at atomic resolution.
著者: Korzhnev, D.M. / Religa, T.L. / Banachewicz, W. / Fersht, A.R. / Kay, L.E.
履歴
登録2010年6月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年9月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22014年1月1日Group: Source and taxonomy
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,2511
ポリマ－8,2511
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 10000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Pre-mRNA-processing factor 40 homolog A / Formin-binding protein 3 / Formin-binding protein 11 / Huntingtin-interacting protein A / ...Formin-binding protein 3 / Formin-binding protein 11 / Huntingtin-interacting protein A / Huntingtin yeast partner A / Huntingtin-interacting protein 10 / HIP-10 / Fas ligand-associated factor 1 / Renal carcinoma antigen NY-REN-6


分子量: 8251.467 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
解説: N-His6-Lyp-Thr-FF-C, His6 - HisTag, Lyp - lipoyl domain solublity tag, Thr - thrombin cleavage site, FF - FF domain
遺伝子: HYPA, FBP11, PRPF40A, FLAF1, FNBP3, HIP10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: O75400

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
111CPMG
121CPMG
NMR実験の詳細Text: Atoms HG2-CG-HG3 in PRO 47 A model 6 have unusual geometry due to a bug in CS-Rosetta software.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-2 mM [U-13C; U-15N; U-2H] FF-1, 100 mM sodium chloride-2, 50 mM sodium acetate-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21-2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-50% 2H] FF-4, 100 mM sodium chloride-5, 50 mM sodium acetate-6, 100% D2O100% D2O
31-2 mM [selective 13C; U-100% 15N] FF-7, 100 mM sodium chloride-8, 50 mM sodium acetate-9, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMFF-1[U-13C; U-15N; U-2H]1-21
100 mMsodium chloride-21
50 mMsodium acetate-31
mMFF-4[U-100% 13C; U-100% 15N; U-50% 2H]1-22
100 mMsodium chloride-52
50 mMsodium acetate-62
mMFF-7[selective 13C; U-100% 15N]1-23
100 mMsodium chloride-83
50 mMsodium acetate-93
試料状態イオン強度: 145 / pH: 5.7 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
PALES(PALES) Zweckstetter, Baxデータ解析
CS-ROSETTA(CS-Rosetta) Shen, Vernon, Baker, Bax精密化
精密化手法: Monte Carlo / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 10000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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