[日本語] English
万見
- PDB-2kyz: NMR structure of heavy metal binding protein TM0320 from Thermoto... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kyz
タイトルNMR structure of heavy metal binding protein TM0320 from Thermotoga maritima
要素Heavy metal binding protein
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Heavy metal binding protein / Thermotoga maritima / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / Alpha-Beta Plaits - #100 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Heavy metal binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Jaudzems, K. / Wahab, A. / Serrano, P. / Geralt, M. / Wuthrich, K. / Wilson, I.A. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: NMR structure of heavy metal binding protein TM0320 from Thermotoga maritima
著者: Jaudzems, K. / Wahab, A. / Serrano, P. / Geralt, M. / Wuthrich, K. / Wilson, I.A.
履歴
登録2010年6月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年8月3日Group: Structure summary
改定 1.32011年8月10日Group: Derived calculations
改定 1.42013年3月20日Group: Other
改定 1.52024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Heavy metal binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8631
ポリマ－7,8631
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80target function
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 Heavy metal binding protein


分子量: 7863.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: TM_0320 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q9WYF6

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: reduced form
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1213D 1H-13C(ali) NOESY
1313D 1H-13C(aro) NOESY
1414D APSY-HACANH
1515D APSY-(HA)CA(CO)NH
1615D APSY-CBCA(CO)NH
1712D 1H-15N HSQC
1812D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細内容: 1.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] TM0320, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 3 mM DTT, 0.03 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O. Reduced form of the protein. The absence of bound metals ...内容: 1.5 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] TM0320, 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 3 mM DTT, 0.03 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O. Reduced form of the protein. The absence of bound metals was checked by adding 5mM EDTA, which did not cause any significant chemical shift perturbations.
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.5 mMTM0320-1[U-98% 13C; U-98% 15N]1
20 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
3 mMDTT-41
5 %D2O-51
0.03 %sodium azide-61
試料状態イオン強度: 83.6 / pH: 6 / 圧: AMBIENT / 温度: 313 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker DRXBrukerDRX7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
OPALp1.2Luginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
MOLMOL2K.1Koradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
TopSpin1.3Bruker Biospincollection
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
UNIO1.0.4Herrmann, T., Guntert, P., Wuthrich, K.構造決定
UNIO1.0.4Herrmann, T., Guntert, P., Wuthrich, K.peak picking
CARA1.8.4Keller, R.chemical shift assignment
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る