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- PDB-2kym: Solution structure of the Bem1p SH3-CI domain from L.elongisporus... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kym
タイトルSolution structure of the Bem1p SH3-CI domain from L.elongisporus in complex with Ste20p peptide
要素
  • Bud emergence protein 1
  • Peptide form Serine/threonine-protein kinase STE20
キーワードSIGNALING PROTEIN / SH3 domain / Bem1p / SH3-CI / Ste20p PRR / Cdc42p-interacting / scaffold
機能・相同性
機能・相同性情報


sterol import / histone H2BS14 kinase activity / CD28 dependent Vav1 pathway / osmosensory signaling pathway via Sho1 osmosensor / RHO GTPases activate PAKs / signal transduction involved in filamentous growth / bipolar cellular bud site selection / RHOD GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / budding cell apical bud growth ...sterol import / histone H2BS14 kinase activity / CD28 dependent Vav1 pathway / osmosensory signaling pathway via Sho1 osmosensor / RHO GTPases activate PAKs / signal transduction involved in filamentous growth / bipolar cellular bud site selection / RHOD GTPase cycle / RHOV GTPase cycle / budding cell apical bud growth / RHOQ GTPase cycle / RHOU GTPase cycle / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / pseudohyphal growth / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / invasive growth in response to glucose limitation / vacuole inheritance / cellular bud site selection / incipient cellular bud site / regulation of exit from mitosis / mating projection tip / regulation of axonogenesis / MAPK6/MAPK4 signaling / regulation of MAPK cascade / stress granule assembly / phosphatidylinositol binding / cell morphogenesis / non-specific serine/threonine protein kinase / protein kinase activity / intracellular signal transduction / positive regulation of apoptotic process / phosphorylation / negative regulation of gene expression / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / mRNA binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bem1/Scd2 / Bem1/Scd2, SH3 domain 2 / Bem1/Scd2, PX domain / p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. ...Bem1/Scd2 / Bem1/Scd2, SH3 domain 2 / Bem1/Scd2, PX domain / p21 activated kinase binding domain / CRIB domain superfamily / P21-Rho-binding domain / CRIB domain profile. / P21-Rho-binding domain / CRIB domain / PhoX homologous domain, present in p47phox and p40phox. / PX domain profile. / PX domain / Phox homology / PX domain superfamily / SH3 Domains / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Serine/threonine-protein kinase STE20
類似検索 - 構成要素
生物種Lodderomyces elongisporus (菌類)
Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Gorelik, M. / Muhandiram, R. / Davidson, A.R.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural and functional characterization of an unusual SH3 domain from the fungal scaffold protein, Bem1p
著者: Gorelik, M. / Muhandiram, R. / Yin, W. / Davidson, A.R.
履歴
登録2010年6月2日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bud emergence protein 1
B: Peptide form Serine/threonine-protein kinase STE20


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4122
ポリマ-15,4122
非ポリマー00
00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Bud emergence protein 1


分子量: 13772.495 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3-CI domain, UNP residues 2-117 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lodderomyces elongisporus (菌類) / : NRRL YB-4239 / 遺伝子: LELG_04233 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5E3P5
#2: タンパク質・ペプチド Peptide form Serine/threonine-protein kinase STE20


分子量: 1639.915 Da / 分子数: 1 / 断片: PRR, UNP residues 468-483 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03497

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HN(CO)CA
1413D HN(CA)CB
1513D CBCA(CO)NH
1613D C(CO)NH
1713D HNCA
1822D 1H-13C HSQC
1923D (H)CCH-TOCSY
11023D (H)CCH-COSY
11123D 1H-15N NOESY
11223D 1H-13C NOESY
113315N C13 filtered 2D 1H-1H TOCSY
114315N C13 filtered 2D 1H-1H NOESY
115415N C13 filtered 2D 1H-1H COSY
116413C half-filtered 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Bem1 SH3-CI protein, 1.5 mM Ste20 peptide, 0.5 mM PMSF, 0.5 mM EDTA, 0.05 % sodium azide, 50 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Bem1 SH3-CI protein, 1.5 mM Ste20 peptide, 0.5 mM PMSF, 0.5 mM EDTA, 0.05 % sodium azide, 50 mM HEPES, 100 mM sodium chloride, 1 mM DTT, 100% D2O100% D2O
30.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Bem1 SH3-CI protein, 0.5 mM Ste20 peptide, 100 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 0.05 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.5 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Bem1 SH3-CI protein, 0.5 mM Ste20 peptide, 100 mM sodium chloride, 50 mM sodium phosphate, 0.05 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mMBem1 SH3-CI protein-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1.5 mMSte20 peptide-21
0.5 mMPMSF-31
0.5 mMEDTA-41
0.05 %sodium azide-51
50 mMHEPES-61
100 mMsodium chloride-71
1 mMDTT-81
0.7 mMBem1 SH3-CI protein-9[U-99% 13C; U-99% 15N]2
1.5 mMSte20 peptide-102
0.5 mMPMSF-112
0.5 mMEDTA-122
0.05 %sodium azide-132
50 mMHEPES-142
100 mMsodium chloride-152
1 mMDTT-162
0.5 mMBem1 SH3-CI protein-17[U-99% 13C; U-99% 15N]3
0.5 mMSte20 peptide-183
100 mMsodium chloride-193
50 mMsodium phosphate-203
0.05 %sodium azide-213
0.5 mMBem1 SH3-CI protein-22[U-99% 13C; U-99% 15N]4
0.5 mMSte20 peptide-234
100 mMsodium chloride-244
50 mMsodium phosphate-254
0.05 %sodium azide-264
試料状態イオン強度: 100 / pH: 6.8 / : ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA5001
Varian INOVAVarianINOVA8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsProtein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 71 / Protein psi angle constraints total count: 73
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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