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万見
- PDB-2kyg: Structure of the AML1-ETO Nervy Domain - PKA(RIIa) complex and it... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kyg
タイトルStructure of the AML1-ETO Nervy Domain - PKA(RIIa) complex and its contribution to AML1-ETO activity
要素
  • Protein CBFA2T1
  • cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
キーワードPROTEIN BINDING / protein/protein / homodimer bound to monomer
機能・相同性
機能・相同性情報


ROBO receptors bind AKAP5 / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / nucleotide-activated protein kinase complex / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / ciliary base / cAMP-dependent protein kinase complex / negative regulation of fat cell differentiation ...ROBO receptors bind AKAP5 / cAMP-dependent protein kinase regulator activity / negative regulation of cAMP-dependent protein kinase activity / nucleotide-activated protein kinase complex / cAMP-dependent protein kinase inhibitor activity / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / ciliary base / cAMP-dependent protein kinase complex / negative regulation of fat cell differentiation / plasma membrane raft / protein kinase A catalytic subunit binding / PKA activation in glucagon signalling / DARPP-32 events / Hedgehog 'off' state / cAMP binding / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / nuclear matrix / Vasopressin regulates renal water homeostasis via Aquaporins / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / ADORA2B mediated anti-inflammatory cytokines production / GPER1 signaling / transcription corepressor activity / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / DNA-binding transcription factor binding / intracellular signal transduction / protein domain specific binding / focal adhesion / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / centrosome / ubiquitin protein ligase binding / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein CBFA2T1 / CBFA2T family / NHR2-like / NHR2 domain like / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit ...Protein CBFA2T1 / CBFA2T family / NHR2-like / NHR2 domain like / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / cAMP-dependent Protein Kinase, Chain A / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit / cAMP-dependent protein kinase regulatory subunit, dimerization-anchoring domain / Regulatory subunit of type II PKA R-subunit / RIIalpha, Regulatory subunit portion of type II PKA R-subunit / TAFH/NHR1 domain superfamily / NHR1 homology to TAF / TAFH/NHR1 domain profile. / TAF homology / TAFH/NHR1 / MYND finger / Zinc finger, MYND-type / Zinc finger MYND-type signature. / Zinc finger MYND-type profile. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit / Protein CBFA2T1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Corpora, T.A. / Cierpecki, T. / Bushweller, J.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Structure of the AML1-ETO NHR3-PKA(RIIalpha) complex and its contribution to AML1-ETO activity.
著者: Corpora, T. / Roudaia, L. / Oo, Z.M. / Chen, W. / Manuylova, E. / Cai, X. / Chen, M.J. / Cierpicki, T. / Speck, N.A. / Bushweller, J.H.
履歴
登録2010年5月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年10月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
B: cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit
C: Protein CBFA2T1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,4283
ポリマ－15,4283
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)15 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド cAMP-dependent protein kinase type II-alpha regulatory subunit


分子量: 5621.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PRKAR2A, PKR2, PRKAR2 / プラスミド: pHis Parallel 2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13861
#2: タンパク質・ペプチド Protein CBFA2T1 / Protein MTG8 / Protein ETO / Eight twenty one protein / Cyclin-D-related protein / Zinc finger MYND ...Protein MTG8 / Protein ETO / Eight twenty one protein / Cyclin-D-related protein / Zinc finger MYND domain-containing protein 2


分子量: 4184.722 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RUNX1T1, AML1T1, CBFA2T1, CDR, ETO, MTG8, ZMYND2 / プラスミド: pET-32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06455

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HNCO
1413D HN(CA)CB
1513D (H)CCH-TOCSY
1613D HNHA
1713D H(CCO)NH
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
NMR実験の詳細Text: The structure was determined using a combination of NOE and residual dipolar coupling data.

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試料調製

詳細内容: 2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] NHR3, 2 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PKA(RIIa), 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMNHR3[U-99% 13C; U-99% 15N]1
2 mMPKA(RIIa)[U-99% 13C; U-99% 15N]1
試料状態イオン強度: 0.0 / pH: 4.0 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian AvanceVarianAVANCE6001
Varian AvanceVarianAVANCE5002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax構造決定
CNSBrunger, A. et al.精密化
ProcheckLaskowski, MacArthur, Smith, Jones, Hutchinson, Morris, Moss and Thoデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 15

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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