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万見
- PDB-2kyb: Solution structure of CpR82G from Clostridium perfringens. North ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kyb
タイトルSolution structure of CpR82G from Clostridium perfringens. North East Structural Genomics Consortium Target CpR82g
要素Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase domain protein, possible enterotoxin
キーワードTOXIN / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性
機能・相同性情報


: / Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / SH3-like domain, bacterial-type / SH3 Domains / SH3 type barrels. ...: / Bacterial SH3 domain / SH3b domain profile. / Bacterial SH3 domain homologues / Lysozyme subfamily 2 / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase-like domain / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase / SH3-like domain, bacterial-type / SH3 Domains / SH3 type barrels. / SH3-like domain superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase domain protein, possible enterotoxin / Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosamidase domain protein, possible enterotoxin
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Mobley, C.K. / Lee, H. / Lee, D. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everrett, J.K. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure of CpR82G
著者: Mobley, C.K. / Lee, H. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H.
履歴
登録2010年5月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_sample_details ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase domain protein, possible enterotoxin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,3391
ポリマ－6,3391
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Mannosyl-glycoprotein endo-beta-N-acetylglucosaminidase domain protein, possible enterotoxin


分子量: 6339.147 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 300-358 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: ATCC 13124, NCTC 8237, Type A / 遺伝子: entD, CPF_1439 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0TR56, UniProt: A0A0H2YV13*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D C(CO)NH
1213D 1H-15N NOESY
1313D 1H-13C NOESY
1413D CBCA(CO)NH
1512D 1H-13C HSQC
1612D 1H-15N HSQC
1713D HBHA(CO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D H(CCO)NH
11013D HN(CA)CB
11122D 1H-13C HSQC CT 28ms delay
11222D 1H-13C HSQC CT 42ms delay
11322D 1H-13C HSQC CT 56ms delay
1143NH-J-modulation
1154NH-J-modulation
11613D HNCO
1171hbcbcgcdhdA
1181hbcbcgcdceheA
11912D 1H-13C HSQC aromatic

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.01 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CpR82G-1, 0.02 % sodium azide-2, 100 mM DTT-3, 5 mM Calcium Chloride-4, 100 mM sodium chloride-5, 20 mM MES-6, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.98 mM U-5% 13C; U-100% 15N CpR82G-7, 0.02 % sodium azide-8, 100 mM DTT-9, 5 mM Calcium Chloride-10, 100 mM sodium chloride-11, 20 mM MES-12, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
30.67 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] CpR82G-13, 0.016 % sodium azide-14, 81.73 mM DTT-15, 4.09 mM Calcium Chloride-16, 81.73 mM sodium chloride-17, 16.35 mM MES-18, 4 % C12E5 PEG-19, 1.25 % Hexanol-20, 82.88% H2O/17.12% D2O82.88% H2O/17.12% D2O
40.92 mM CpR82G-21, 0.018 % sodium azide-22, 91.67 mM DTT-23, 4.58 mM Calcium Chloride-24, 91.67 mM sodium chloride-25, 18.32 mM MES-26, 7 % Positively Charged Compressed Polyacrylamide Gel-27, 91.3% H2O/8.7% D2O91.3% H2O/8.7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.01 mMCpR82G-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
0.02 %sodium azide-21
100 mMDTT-31
5 mMCalcium Chloride-41
100 mMsodium chloride-51
20 mMMES-61
0.98 mMCpR82G-7U-5% 13C; U-100% 15N2
0.02 %sodium azide-82
100 mMDTT-92
5 mMCalcium Chloride-102
100 mMsodium chloride-112
20 mMMES-122
0.67 mMCpR82G-13[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.016 %sodium azide-143
81.73 mMDTT-153
4.09 mMCalcium Chloride-163
81.73 mMsodium chloride-173
16.35 mMMES-183
4 %C12E5 PEG-193
1.25 %Hexanol-203
0.92 mMCpR82G-214
0.018 %sodium azide-224
91.67 mMDTT-234
4.58 mMCalcium Chloride-244
91.67 mMsodium chloride-254
18.32 mMMES-264
7 %Positively Charged Compressed Polyacrylamide Gel-274
試料状態イオン強度: 205 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1.5Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
X-PLOR NIH2.18Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
NMRViewJ8.0.b17Johnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelioneデータ解析
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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