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万見
- PDB-2ky8: Solution structure and dynamic analysis of chicken MBD2 methyl bi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ky8
タイトルSolution structure and dynamic analysis of chicken MBD2 methyl binding domain bound to a target methylated DNA sequence
要素
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*(5CM)P*GP*AP*TP*(TED)P*CP*C)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*(5CM)P*GP*GP*CP*(TED)P*C)-3')
  • Methyl-CpG-binding domain protein 2
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / DNA Binding domain / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. ...Methyl-CpG binding protein 2/3, C-terminal domain / Methyl-CpG-binding domain protein 2/3, p55-binding region / C-terminal domain of methyl-CpG binding protein 2 and 3 / p55-binding region of Methyl-CpG-binding domain proteins MBD / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-cpg-binding Protein 2; Chain A / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG DNA binding / Methyl-CpG binding domain / Methyl-CpG-binding domain (MBD) profile. / DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / DNA (> 10) / Methyl-CpG-binding domain protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Gallus gallus (ニワトリ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Williams Jr., D.C. / Scarsdale Jr., J.N.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2011
タイトル: Solution structure and dynamic analysis of chicken MBD2 methyl binding domain bound to a target-methylated DNA sequence.
著者: Scarsdale, J.N. / Webb, H.D. / Ginder, G.D. / Williams, D.C.
履歴
登録2010年5月18日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年5月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年9月7日Group: Database references
改定 1.32020年2月5日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_validate_polymer_linkage / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq.db_align_beg / _struct_ref_seq.db_align_end / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Methyl-CpG-binding domain protein 2
B: DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*(5CM)P*GP*GP*CP*(TED)P*C)-3')
C: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*(5CM)P*GP*AP*TP*(TED)P*CP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5965
ポリマ－15,4863
非ポリマー1102
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Methyl-CpG-binding domain protein 2


分子量: 8005.200 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP Residues 2-71 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Gallus gallus (ニワトリ) / 遺伝子: MBD2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5EFL0
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*GP*AP*AP*TP*(5CM)P*GP*GP*CP*(TED)P*C)-3')


分子量: 3760.568 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*CP*(5CM)P*GP*AP*TP*(TED)P*CP*C)-3')


分子量: 3720.544 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HNCA
1413D HN(CO)CA
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D C(CO)NH
1913D C(CO)NH
11013D CCH-TOCSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-15N NOESY
11313D 1H-13C NOESY
11412D 13C,15N filtered NOESY
11522D 1H-15N HSQC
11632D 1H-15N HSQC-T1
11742D 1H-15N HSQC-T1
11823D-HNCO-JNH
11913D-HNCO-JNH
12012D 1H-15N HSQC,JNCO
12122D 1H-15N HSQC.JNCO
12213D HNCO,JCOCA
12323D HNCO,JCOCA

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] cMBD2, 1 mM DNA, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-13C; U-15N; U-2H] cMBD2, 0.8 mM DNA, 12 mg/mL of1 bacteriophage, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] cMBD2, 0.5 mM DNA, 0.5 mM MANGANESE (II) ION, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
40.5 mM [U-13C; U-15N; U-2H] cMBD2, 0.5 mM DNA, 0.5 mM CA2+, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMcMBD2-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
1 mMDNA-21
0.8 mMcMBD2-3[U-13C; U-15N; U-2H]2
0.8 mMDNA-42
12 mg/mLpf1 bacteriophage-52
0.5 mMcMBD2-6[U-13C; U-15N; U-2H]3
0.5 mMDNA-73
0.5 mMMANGANESE (II) ION-83
0.5 mMcMBD2-9[U-13C; U-15N; U-2H]4
0.5 mMDNA-104
0.5 mMCA2+-114
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityPlusVarianUNITYPLUS5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
PIPPGarrettchemical shift assignment
PIPPGarrettpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
VNMRVariancollection
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: experimental target function included NOE distances, backbone torsion angle restraints based on chemical shifts, residual dipolar couplings and paramagnetic relaxation enhancement data.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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