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- PDB-2kxx: NMR Structure of Escherichia coli BamE, a Lipoprotein Component o... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kxx
タイトルNMR Structure of Escherichia coli BamE, a Lipoprotein Component of the beta-Barrel Assembly Machinery Complex
要素Small protein A
キーワードPROTEIN BINDING (タンパク質) / E coli protein / lipoprotein (リポタンパク質)
機能・相同性
機能・相同性情報


Bam protein complex / Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / protein insertion into membrane / protein-macromolecule adaptor activity / response to antibiotic / 生体膜 / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 / Beta-lactamase Inhibitory Protein; Chain:B, domain 1 - #10 / Outer membrane protein assembly factor BamE / Lipoprotein SmpA/OmlA / SmpA / OmlA family / BamE-like / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Outer membrane protein assembly factor BamE
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Kim, K. / Okon, M. / Escobar, E. / Kang, H. / McIntosh, L. / Paetzel, M.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2011
タイトル: Structural Characterization of Escherichia coli BamE, a Lipoprotein Component of the beta-Barrel Assembly Machinery Complex.
著者: Kim, K.H. / Kang, H.S. / Okon, M. / Escobar-Cabrera, E. / McIntosh, L.P. / Paetzel, M.
履歴
登録2010年5月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small protein A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7021
ポリマ－10,7021
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 Small protein A


分子量: 10701.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: b2617, JW2598, smpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A937

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: First four residues (GSHM) are remainter of thrombin-cleaved 6-His tag.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D 1H-15N NOESY
1413D HNCO
1513D HN(CA)CB
1613D HN(CO)CA
1713D 1H-13C NOESY
1812D 1H-1H COSY

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試料調製

詳細内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] E. coli protein, 15 % D2O, 85 % H2O, 20 mM Na2HPO4/NaH2PO4, 85% H2O/15% D2O
溶媒系: 85% H2O/15% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mME. coli protein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
15 %D2O-21
85 %H2O-31
20 mMNa2HPO4/NaH2PO4-41
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 6.6 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Unity / 製造業者: Varian / モデル: UNITY / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
Sparky3.113Goddardpeak picking
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
ARIA2Rieping, Habeck, Bardiaux, Bernard, Malliavin and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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