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万見
- PDB-2kxm: Solution NMR Structure of the 27 nucleotide engineered neomycin s... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kxm
タイトルSolution NMR Structure of the 27 nucleotide engineered neomycin sensing riboswitch RNA-ribostmycin complex
要素RNA (27-MER)
キーワードRNA/Antibiotic / Riboswitches / RNA-ligand interaction / Aminoglycosides / RNA recognition / antibiotic / RNA-Antibiotic complex
機能・相同性RIBOSTAMYCIN / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 5
データ登録者Duchardt-Ferner, E. / Weigand, J.E. / Ohlenschlager, O. / Schmidtke, S.R. / Suess, B. / Wohnert, J.
引用
ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2010
タイトル: Highly modular structure and ligand binding by conformational capture in a minimalistic riboswitch.
著者: Duchardt-Ferner, E. / Weigand, J.E. / Ohlenschlager, O. / Schmidtke, S.R. / Suess, B. / Wohnert, J.
#1: ジャーナル: BIOMOL.NMR ASSIGN. / 年: 2010
タイトル: NMR resonance assignments of an engineered neomycin-sensing riboswitch RNA bound to ribostamycin and tobramycin
著者: Sina, S.R. / Elke, D. / Julia, W.E. / Beatrix, S. / Jens, W.
履歴
登録2010年5月10日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年9月4日Group: Structure summary
改定 1.32014年2月5日Group: Experimental preparation
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_site
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (27-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,0122
ポリマ－8,5571
非ポリマー4541
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: RNA鎖 RNA (27-MER)


分子量: 8557.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: 化合物 ChemComp-RIO / RIBOSTAMYCIN / 5-AMINO-2-AMINOMETHYL-6-[4,6-DIAMINO-2-(3,4-DIHYDROXY-5-HYDROXYMETHYL-TETRAHYDRO-FURAN-2-YLOXY)-3-HYDROXY-CYCLOHEXYLOXY ]-TETRAHYDRO-PYRAN-3,4-DIOL / (1R,2R,3S,4R,6S)-4,6-diamino-3-hydroxy-2-(beta-D-ribofuranosyloxy)cyclohexyl 2,6-diamino-2,6-dideoxy-alpha-D-glucopyranoside / リボスタマイシン


分子量: 454.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H34N4O10 / コメント: 抗生剤*YM
非ポリマーの詳細THE AMINO GROUPS ARE PROTONATED IN RIBOSTAMYCIN

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H NOESY
2222D 1H-15N HSQC
2323D 1H-15N NOESY
3432D 1H-13C HSQC
2553D HNCO
2653D H(CCO)NH
3733D 1H-13C NOESY
3833D 1H-13C NOESY
3942D 1H-1H TOCSY
31042D DQF-COSY
31142D 1H-1H NOESY
21262D 1H-1H TOCSY
21362D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM RNA (27-MER)-1, 25 mM potassium phosphate-2, 50 mM potassium chloride-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-100% 15N] RNA (27-MER)-4, 0.9 mM RIBOSTAMYCIN-5, 25 mM potassium phosphate-6, 50 mM potassium chloride-7, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
31.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (27-MER)-8, 1.2 mM RIBOSTAMYCIN-9, 25 mM potassium phosphate-10, 50 mM potassium chloride-11, 100% D2O100% D2O
41.1 mM [U-13C; U-15N; U-2H] RNA (27-MER)-12, 1.2 mM RIBOSTAMYCIN-13, 25 mM potassium phosphate-14, 50 mM potassium chloride-15, 100% D2O100% D2O
51.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] RNA (27-MER)-16, 1.2 mM RIBOSTAMYCIN-17, 25 mM potassium phosphate-18, 50 mM potassium chloride-19, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
61.1 mM [U-13C; U-15N; U-2H] RNA (27-MER)-20, 1.2 mM RIBOSTAMYCIN-21, 25 mM potassium phosphate-22, 50 mM potassium chloride-23, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMRNA (27-MER)-11
25 mMpotassium phosphate-21
50 mMpotassium chloride-31
0.8 mMRNA (27-MER)-4[U-100% 15N]2
0.9 mMRIBOSTAMYCIN-52
25 mMpotassium phosphate-62
50 mMpotassium chloride-72
1.1 mMRNA (27-MER)-8[U-100% 13C; U-100% 15N]3
1.2 mMRIBOSTAMYCIN-93
25 mMpotassium phosphate-103
50 mMpotassium chloride-113
1.1 mMRNA (27-MER)-12[U-13C; U-15N; U-2H]4
1.2 mMRIBOSTAMYCIN-134
25 mMpotassium phosphate-144
50 mMpotassium chloride-154
1.1 mMRNA (27-MER)-16[U-100% 13C; U-100% 15N]5
1.2 mMRIBOSTAMYCIN-175
25 mMpotassium phosphate-185
50 mMpotassium chloride-195
1.1 mMRNA (27-MER)-20[U-13C; U-15N; U-2H]6
1.2 mMRIBOSTAMYCIN-216
25 mMpotassium phosphate-226
50 mMpotassium chloride-236
試料状態
Conditions-IDpH温度 (K)
16.2 267-298 K
26.2 283 K
36.2 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE8003
Bruker AvanceBrukerAVANCE9004
Bruker AvanceBrukerAVANCE9505

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
CARA1.8.4.2Wuthrichchemical shift assignment
CARA1.8.4.2Wuthrichpeak picking
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
OPALLuginbuhl, Guntert, Billeter, Wuthrich精密化
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 915 / NOE intraresidue total count: 362 / NOE long range total count: 120 / NOE sequential total count: 186 / Hydrogen bond constraints total count: 50
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / Maximum lower distance constraint violation: 0 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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