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万見
- PDB-2kvt: solution NMR structure of yaiA from Escherichia Eoli. Northeast S... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kvt
タイトルsolution NMR structure of yaiA from Escherichia Eoli. Northeast Structural Genomics Target ER244
要素Uncharacterized protein yaiA
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / yaiA / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性YaiA protein / YaiA protein / YaiA-like superfamily / YaiA protein / GCC-box Binding Domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta / Uncharacterized protein YaiA
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, distance geometry, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Tang, Y. / Chen, X. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T. / Everett, J. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: solution NMR structure of yaiA from Escherichia coli. Northeast Structural Genomics Target ER244
著者: Tang, Y. / Chen, X. / Ciccosanti, C. / Janjua, H. / Xiao, R. / Acton, T. / Everett, J. / Montelione, G.T.
履歴
登録2010年3月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Experimental preparation / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_sample_details ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein yaiA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3641
ポリマ－8,3641
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein yaiA


分子量: 8364.354 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: yaiA, b0389, JW0380 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AAN5

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1122D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D HNCO
1423D HN(CA)CB
1523D CBCA(CO)NH
1623D HNCA
1723D (H)CCH-TOCSY
1823D (H)CCH-COSY
1923D CCH-TOCSY
11023D 1H-15N NOESY
11123D 1H-13C aliphatic NOESY
11223D 1H-13C aromatic NOESY
11312D 1H-13C HSQC (high resolution)

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.00 mM [U-5% 13C; U-100% 15N] ER244-1, 5 mM DTT-2, 100 mM sodium chloride-3, 10 mM TRIS-4, 10 mM NaN3-5, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21.37 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] ER244-6, 5 mM DTT-7, 100 mM sodium chloride-8, 10 mM TRIS-9, 10 mM NaN3-10, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.00 mMER244-1[U-5% 13C; U-100% 15N]1
5 mMDTT-21
100 mMsodium chloride-31
10 mMTRIS-41
10 mMNaN3-51
1.37 mMER244-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
5 mMDTT-72
100 mMsodium chloride-82
10 mMTRIS-92
10 mMNaN3-102
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
Sparky3.11Goddardpeak picking
Sparky3.11Goddardデータ解析
AutoAssign2.2.1Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
CYANA3.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
NMRPipe2.3Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
PSVS1.4Bhattacharya and Montelionestructure validation
精密化手法: simulated annealing, molecular dynamics, distance geometry, torsion angle dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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