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- PDB-2kvq: Solution structure of NusE:NusG-CTD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kvq
タイトルSolution structure of NusE:NusG-CTD complex
要素
  • NusE
  • Transcription antitermination protein nusG
キーワードTRANSCRIPTION / NusE:NusG complex
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription elongation-coupled chromatin remodeling / transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation ...transcription elongation-coupled chromatin remodeling / transcription antitermination factor activity, RNA binding / transcription elongation factor complex / regulation of DNA-templated transcription elongation / transcription antitermination / DNA-templated transcription termination / ribosome biogenesis / small ribosomal subunit / cytosolic small ribosomal subunit / cytoplasmic translation / tRNA binding / structural constituent of ribosome / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / Ribosomal protein S10 / SH3 type barrels. - #30 / NusG-like / Transcription termination factor nusG / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. ...: / Transcription antitermination protein, NusG / Transcription antitermination protein, NusG, bacteria, conserved site / Transcription termination factor nusG signature. / Ribosomal protein S10 / SH3 type barrels. - #30 / NusG-like / Transcription termination factor nusG / NusG, N-terminal / In Spt5p, this domain may confer affinity for Spt4p. It possesses a RNP-like fold. / NusG, N-terminal domain superfamily / SH3 type barrels. / Ribosomal protein S10, conserved site / Ribosomal protein S10 signature. / Ribosomal protein S10 / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / KOW (Kyprides, Ouzounis, Woese) motif. / Translation protein SH3-like domain superfamily / KOW motif / KOW / Ribosomal protein L2, domain 2 / Roll / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Small ribosomal subunit protein uS10 / Transcription termination/antitermination protein NusG
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Burmann, B.M. / Schweimer, K. / Roesch, P.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: A NusE:NusG complex links transcription and translation.
著者: Burmann, B.M. / Schweimer, K. / Luo, X. / Wahl, M.C. / Stitt, B.L. / Gottesman, M.E. / Rosch, P.
履歴
登録2010年3月25日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: NusE
G: Transcription antitermination protein nusG


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,5642
ポリマ－16,5642
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)18 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 NusE


分子量: 9608.144 Da / 分子数: 1 / 断片: UNp residues 1-45,68-103 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0A7R5
#2: タンパク質 Transcription antitermination protein nusG


分子量: 6955.832 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 123-181, KOW domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: nusG, b3982, JW3945 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P0AFG0
配列の詳細RESIDUES 46-67 OF CHAIN E ARE REPLACED WITH A SINGLE SER.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D 1H-15N NOESY
1413D 1H-13C NOESY
1513D 13C filtered(F1)-13C edited NOESY
1632D 1H-15N HSQC
1732D 1H-13C HSQC
1833D 1H-13C NOESY
1933D 1H-15N NOESY
11033D 13C filtered(F1)-133D 13C filtered(F1)-13C edited NOESY
11123D HNCA
11223D HN(CA)CB
11333D (H)CCH-TOCSY
11413D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N] 15N, 13C -NusG-CTD-1, 300 uM NusE-2, 300 uM NusB-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
2300 uM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] 15N, 13C, 2H-NusE-4, 300 uM NusB-5, 300 uM NusG-CTD-6, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
30.3 mM NusG-CTD-7, 0.3 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 15N, 13C NusE-8, 0.3 mM NusB-9, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
300 uM15N, 13C -NusG-CTD-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
300 uMNusE-21
300 uMNusB-31
300 uM15N, 13C, 2H-NusE-4[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]2
300 uMNusB-52
300 uMNusG-CTD-62
0.3 mMNusG-CTD-73
0.3 mM15N, 13C NusE-8[U-100% 13C; U-100% 15N]3
0.3 mMNusB-93
試料状態イオン強度: 50 / pH: 7.5 / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称開発者分類
XwinNMRBruker Biospincollection
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Structure was calculated using rigid body docking with experimental derived intermolecular distance restraints. The structures of unbound NusG-CTD (pdb 2JVV) and unbound NusE:NusB (pdb 3D3B) were used.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 18

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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