[日本語] English
万見
- PDB-2kum: Solution structure of the human chemokine CCL27 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kum
タイトルSolution structure of the human chemokine CCL27
要素C-C motif chemokine 27
キーワードSIGNALING PROTEIN / CCL27 / CTACK / Chemokine / Cytokine / Disulfide bond / Polymorphism
機能・相同性
機能・相同性情報


: / CCR3 chemokine receptor binding / positive regulation of T cell chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism ...: / CCR3 chemokine receptor binding / positive regulation of T cell chemotaxis / Chemokine receptors bind chemokines / chemokine activity / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / chemotaxis / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / immune response / extracellular space / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Chemokine interleukin-8-like domain / Chemokine interleukin-8-like superfamily / Small cytokines (intecrine/chemokine), interleukin-8 like / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) - #40 / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
C-C motif chemokine 27
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics, molecular dynamics
データ登録者Kirkpatrick, J.P. / Jansma, A. / Hsu, A. / Handel, T.M. / Nietlispach, D.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2010
タイトル: NMR analysis of the structure, dynamics, and unique oligomerization properties of the chemokine CCL27.
著者: Jansma, A.L. / Kirkpatrick, J.P. / Hsu, A.R. / Handel, T.M. / Nietlispach, D.
履歴
登録2010年2月22日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: C-C motif chemokine 27


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1661
ポリマ－10,1661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)30 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

-
要素

#1: タンパク質 C-C motif chemokine 27 / Small-inducible cytokine A27 / CC chemokine ILC / IL-11 R-alpha-locus chemokine / Skinkine / ESkine ...Small-inducible cytokine A27 / CC chemokine ILC / IL-11 R-alpha-locus chemokine / Skinkine / ESkine / Cutaneous T-cell-attracting chemokine / CTACK


分子量: 10165.934 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: ALP, CCL27, CTACK, CTAK, ESKINE, ILC, PESKY, SCYA27
プラスミド: pHUE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q9Y4X3

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-13C HSQC
1323D HNCO
1423D HNCA
1523D HN(CO)CA
1623D HN(CA)CB
1723D HN(COCA)CB
1823D HN(CA)CO
1923D intra-HNCA
11013D (H)NNH-NOESY
11123D H(CCO)NH
11223D C(CO)NH
11323D (H)CCH-TOCSY
11413D 1H-15N TOCSY
11523D 1H-13C NOESY
11612D 1H-1H NOESY
11723D Me-H(C)CH-TOCSY
11823D Me-(H)CCH-TOCSY
11922D 1H-13C CT-HSQC
12013D 1H-15N NOESY

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.05 mM [U-15N] CCL27, 0.1 mM [U-2H] EDTA, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.5 mM [U-13C; U-15N] CCL27, 0.1 mM [U-2H] EDTA, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.05 mMCCL27[U-15N]1
0.1 mMEDTA[U-2H]1
0.5 mMCCL27[U-13C; U-15N]2
0.1 mMEDTA[U-2H]2
試料状態イオン強度: 0.4 / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX5001
Bruker DRXBrukerDRX6002
Bruker DRXBrukerDRX8003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XwinNMR2.6Bruker Biospincollection
Azara2.7Boucher, W. et al.解析
CcpNmr AnalysisCCPNデータ解析
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
ARIA1.2Linge, J.P. et al.構造決定
CNS1.1Brunger, A. et al.構造決定
CNS1.1Brunger, A. et al.精密化
TALOSCornilescu, G. et al.データ解析
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 2568 / NOE intraresidue total count: 814 / NOE long range total count: 108 / NOE medium range total count: 103 / NOE sequential total count: 339 / Hydrogen bond constraints total count: 22 / Protein chi angle constraints total count: 0 / Protein other angle constraints total count: 0 / Protein phi angle constraints total count: 44 / Protein psi angle constraints total count: 44
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 30
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.0207 Å / Distance rms dev error: 0.0025 Å

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る