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万見
- PDB-2kuh: Halothane binds to druggable sites in calcium-calmodulin: Solutio... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kuh
タイトルHalothane binds to druggable sites in calcium-calmodulin: Solution structure of halothane-CaM C-terminal domain
要素Calmodulin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / CALMODULIN / CALCIUM BINDING / VOLATILE ANESTHETIC / HALOTHANE / Cytoskeleton / Isopeptide bond / Methylation / Phosphoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


: / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / regulation of synaptic vesicle endocytosis / Reduction of cytosolic Ca++ levels / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde ...: / establishment of protein localization to mitochondrial membrane / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / CaM pathway / Cam-PDE 1 activation / Sodium/Calcium exchangers / Calmodulin induced events / regulation of synaptic vesicle endocytosis / Reduction of cytosolic Ca++ levels / CREB1 phosphorylation through the activation of CaMKII/CaMKK/CaMKIV cascasde / Activation of Ca-permeable Kainate Receptor / Loss of phosphorylation of MECP2 at T308 / CREB1 phosphorylation through the activation of Adenylate Cyclase / PKA activation / negative regulation of high voltage-gated calcium channel activity / CaMK IV-mediated phosphorylation of CREB / regulation of synaptic vesicle exocytosis / Glycogen breakdown (glycogenolysis) / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / organelle localization by membrane tethering / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / CLEC7A (Dectin-1) induces NFAT activation / response to corticosterone / autophagosome membrane docking / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / Activation of RAC1 downstream of NMDARs / regulation of cardiac muscle cell action potential / positive regulation of DNA binding / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / nitric-oxide synthase binding / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / Synthesis of IP3 and IP4 in the cytosol / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / Negative regulation of NMDA receptor-mediated neuronal transmission / Phase 0 - rapid depolarisation / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / protein phosphatase activator activity / RHO GTPases activate PAKs / Ion transport by P-type ATPases / : / Uptake and function of anthrax toxins / Long-term potentiation / adenylate cyclase binding / Calcineurin activates NFAT / Regulation of MECP2 expression and activity / catalytic complex / DARPP-32 events / detection of calcium ion / regulation of cardiac muscle contraction / Smooth Muscle Contraction / regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / RHO GTPases activate IQGAPs / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / calcium channel inhibitor activity / cellular response to interferon-beta / phosphatidylinositol 3-kinase binding / eNOS activation / Protein methylation / voltage-gated potassium channel complex / activation of adenylate cyclase activity / enzyme regulator activity / Activation of AMPK downstream of NMDARs / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / Tetrahydrobiopterin (BH4) synthesis, recycling, salvage and regulation / : / Ion homeostasis / titin binding / positive regulation of protein autophosphorylation / regulation of calcium-mediated signaling / sperm midpiece / calcium channel complex / nitric-oxide synthase regulator activity / substantia nigra development / adenylate cyclase activator activity / response to amphetamine / Ras activation upon Ca2+ influx through NMDA receptor / regulation of heart rate / sarcomere / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / protein serine/threonine kinase activator activity / VEGFR2 mediated vascular permeability / VEGFR2 mediated cell proliferation / regulation of cytokinesis / positive regulation of nitric-oxide synthase activity / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / spindle microtubule / Translocation of SLC2A4 (GLUT4) to the plasma membrane / mitochondrial membrane / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / RAF activation / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / Stimuli-sensing channels / cellular response to type II interferon / spindle pole / synaptic vesicle membrane / response to calcium ion
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
2-BROMO-2-CHLORO-1,1,1-TRIFLUOROETHANE / Calmodulin-1 / Calmodulin-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, CHARMm22 energy minimization
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Juranic, N. / Macura, S. / Simeonov, M.V. / Jones, K.A. / Penheiter, A.R. / Hock, T.J. / Streiff, J.H.
引用ジャーナル: J. Serb. Chem. Soc. / 年: 2013
タイトル: Halothane binds to druggable sites in the [Ca2+]4-calmodulin (CaM) complex, but does not inhibit [Ca2+]4-CaM activation of kinase.
著者: Juranic, N.O. / Jones, K.A. / Penheiter, A.R. / Hock, T.J. / Streiff, J.H.
履歴
登録2010年2月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年12月11日Group: Database references
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0154
ポリマ－7,7371
非ポリマー2783
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin / CaM


分子量: 7737.468 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN EF-hands 3 and 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: CALM1, CALM, CAM, CAM1, CALM2, CAM2, CAMB, CALM3, CALML2, CAM3, CAMC, CAMIII
発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)-pLysS / 参照: UniProt: P62158, UniProt: P0DP23*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-HLT / 2-BROMO-2-CHLORO-1,1,1-TRIFLUOROETHANE / (+)-ハロタン


分子量: 197.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2HBrClF3

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The mechanism(s) of volatile anesthetic effects are poorly understood. We examined whether VA binding to druggable sites in calmodulin would effect [Ca2+]4-CaM dependent activity of enzymes. ...詳細: The mechanism(s) of volatile anesthetic effects are poorly understood. We examined whether VA binding to druggable sites in calmodulin would effect [Ca2+]4-CaM dependent activity of enzymes. We used high resolution NMR spectroscopy to determine the structure of the halothane [Ca2+]4-CaM complex, determining that the halothane molecules bind in the druggable sites. We used fluorescence assays to determine that VA mediate [Ca2+]4-CaM activation of smMLCK, but not the kd of [Ca2+]4-CaM binding to skMLCK. These results suggest that VA do not mediate [Ca2+]4-CaM dependent MLCK activity via direct interactions with druggable sites on [Ca2+]4-CaM.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D HNCO
1213D HNCA
1313D HN(CA)CB
1413D HBHA(CO)NH
1513D H(CCO)NH
1613D (H)CCH-TOCSY
1713D (H)CCH-COSY
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
11023D HNHA
11122D 1H-15N NOE

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
12 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] CALCIUM ION, 20 mM CALCIUM ION, 20 mM N-{[2-({[1-(4-CARBOXYBUTANOYL)AMINO]-2-PHENYLETHYL}-HYDROXYPHOSPHINYL)OXY]ACETYL}-2-PHENYLETHYLAMINE, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
22 mM [U-99% 15N] CALCIUM ION, 20 mM CALCIUM ION, 20 mM N-{[2-({[1-(4-CARBOXYBUTANOYL)AMINO]-2-PHENYLETHYL}-HYDROXYPHOSPHINYL)OXY]ACETYL}-2-PHENYLETHYLAMINE, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
2 mMCALCIUM ION-1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
20 mMCALCIUM ION-21
20 mMN-{[2-({[1-(4-CARBOXYBUTANOYL)AMINO]-2-PHENYLETHYL}-HYDROXYPHOSPHINYL)OXY]ACETYL}-2-PHENYLETHYLAMINE-31
2 mMCALCIUM ION-4[U-99% 15N]2
20 mMCALCIUM ION-52
20 mMN-{[2-({[1-(4-CARBOXYBUTANOYL)AMINO]-2-PHENYLETHYL}-HYDROXYPHOSPHINYL)OXY]ACETYL}-2-PHENYLETHYLAMINE-62
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7.2 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLORMSI XPLOR 3.843Brungergeometry optimization
X-PLORMSI XPLOR 3.843Brunger精密化
精密化手法: simulated annealing, CHARMm22 energy minimization / ソフトェア番号: 1
詳細: XPLOR, 100 steps steepest descend - final refinement
NMR constraintsNOE constraints total: 808 / NOE intraresidue total count: 337 / NOE long range total count: 137 / NOE medium range total count: 137 / NOE sequential total count: 188 / Hydrogen bond constraints total count: 46 / Protein chi angle constraints total count: 65 / Protein other angle constraints total count: 65 / Protein phi angle constraints total count: 65 / Protein psi angle constraints total count: 65
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 5

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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