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- PDB-2ksk: Solution Structure of Sugarcane defensin 5 -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ksk
タイトルSolution Structure of Sugarcane defensin 5
要素Sugarcane defensin 5
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / CSalphabeta motif
機能・相同性
機能・相同性情報


Gamma-thionin family / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Sugarcane defensin 5
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharum officinarum (カンシャ)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics, simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者de Paula, V.S. / Almeida, F.C.L. / Valente, A.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2011
タイトル: Portrayal of Complex Dynamic Properties of Sugarcane Defensin 5 by NMR: Multiple Motions Associated with Membrane Interaction.
著者: de Paula, V.S. / Razzera, G. / Barreto-Bergter, E. / Almeida, F.C. / Valente, A.P.
履歴
登録2010年1月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02011年1月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年11月21日Group: Derived calculations
改定 1.32024年10月9日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sugarcane defensin 5


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,9811
ポリマ－7,9811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100NULL MR STUDY
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Sugarcane defensin 5


分子量: 7981.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Saccharum officinarum (カンシャ) / プラスミド: pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F2Z241*PLUS
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
2113D HN(CA)CB
1222D 1H-15N HSQC
2313D CBCA(CO)NH
2412D 1H-13C HSQC
2513D HNCO
2613D HNCA
2713D HBHA(CO)NH
2813D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-99% 15N] Sd5- Sugarcane defensin 5-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.7 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] Sd5- Sugarcane defensin 5-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMSd5- Sugarcane defensin 5-1[U-99% 15N]1
0.7 mMSd5- Sugarcane defensin 5-2[U-99% 13C; U-99% 15N]2
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
10.00541 atm298 K
24298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAKeller and Wuthrich精密化
CYANAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
精密化手法: torsion angle dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: NULL MR STUDY / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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