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万見
- PDB-2ksj: Structure and Dynamics of the Membrane-bound form of Pf1 Coat Pro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ksj
タイトルStructure and Dynamics of the Membrane-bound form of Pf1 Coat Protein: Implications for Structural Rearrangement During Virus Assembly
要素Capsid protein G8P
キーワードVIRAL PROTEIN / membrane protein / Capsid protein / Host membrane / Membrane / Transmembrane / Virion
機能・相同性
機能・相同性情報


helical viral capsid / host cell membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces - #230 / Inovirus Coat protein B / Capsid protein G8P / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Capsid protein G8P
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas phage Pf1 (ウイルス)
手法溶液NMR / 個体NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Park, S. / Marassi, F. / Black, D. / Opella, S.J.
引用ジャーナル: Biophys.J. / 年: 2010
タイトル: Structure and dynamics of the membrane-bound form of Pf1 coat protein: implications of structural rearrangement for virus assembly.
著者: Park, S.H. / Marassi, F.M. / Black, D. / Opella, S.J.
履歴
登録2010年1月5日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Capsid protein G8P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,6121
ポリマ－4,6121
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Capsid protein G8P / Gene 8 protein / G8P / Coat protein B / Major coat protein


分子量: 4612.393 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 37-82 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas phage Pf1 (ウイルス) / 遺伝子: VIII / 参照: UniProt: P03621

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実験情報

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実験

実験
手法
溶液NMR
個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1111D 15N, 2D 1H-15N SLF
2221D 15N
3332D 1H-15N HSQC
3433D HNCA
3532D 1H-15N IPAP
3633D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
15 mM [U-98% 15N] protein, 100% H2O100% H2O
25 mM [U-98% 15N] protein, 100% H2O100% H2O
31 mM [U-95% 15N] protein, 1 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] protein, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
5 mMentity_1-1[U-98% 15N]1
5 mMentity_1-2[U-98% 15N]2
1 mMentity_1-3[U-95% 15N]3
1 mMentity_1-4[U-98% 13C; U-98% 15N]3
試料状態
Conditions-IDpH圧 (kPa)温度 (K)
16.7 ambient 313 K
26.7 ambient 295 K
36.7 ambient 313 K

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データ収集

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7501
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002
Bruker DRXBrukerDRX6003
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7004

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解析

NMR software
名称開発者分類
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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