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万見
- PDB-2mxb: Structure of the transmembrane domain of the mouse erythropoietin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2mxb
タイトルStructure of the transmembrane domain of the mouse erythropoietin receptor
要素Erythropoietin receptor
キーワードMEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Signaling by Erythropoietin / erythropoietin receptor activity / Erythropoietin activates RAS / visceral serous pericardium development / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / erythropoietin-mediated signaling pathway / cardiac muscle tissue morphogenesis / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / decidualization ...Signaling by Erythropoietin / erythropoietin receptor activity / Erythropoietin activates RAS / visceral serous pericardium development / vasculogenesis involved in coronary vascular morphogenesis / Erythropoietin activates Phosphoinositide-3-kinase (PI3K) / erythropoietin-mediated signaling pathway / cardiac muscle tissue morphogenesis / ventricular cardiac muscle tissue morphogenesis / decidualization / heart morphogenesis / brain development / heart development / nuclear speck / signal transduction / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Erythropoietin receptor / Long hematopoietin receptor, single chain, conserved site / Long hematopoietin receptor, single chain family signature. / Growth hormone/erythropoietin receptor, ligand binding / Erythropoietin receptor, ligand binding / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Erythropoietin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model1
データ登録者Li, Q. / Wong, Y. / Lee, M. / Kang, C.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Solution structure of the transmembrane domain of the mouse erythropoietin receptor in detergent micelles.
著者: Li, Q. / Lei Wong, Y. / Yueqi Lee, M. / Li, Y. / Kang, C.
履歴
登録2014年12月19日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Erythropoietin receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,2541
ポリマ－6,2541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Erythropoietin receptor / EPO-R


分子量: 6254.441 Da / 分子数: 1 / 断片: Helical Transmembrane residues 236-283 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Epor / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21 DE3 / 参照: UniProt: P14753

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-15N HSQC
1323D CBCA(CO)NH
1423D HN(CA)CB
1523D HNCA
1623D HNCO
1723D HBHA(CO)NH
1823D 1H-15N NOESY
1913D HCACO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1 mM [U-100% 15N] protein, 20 mM potassium phosphate, 240 mM [U-100% 15N] DPC, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 20 mM sodium phosphate, 240 mM [U-2H] DPC, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMentity-1[U-100% 15N]0.5-11
20 mMpotassium phosphate-21
240 mMDPC-3[U-100% 15N]1
0.8 mMentity-4[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMsodium phosphate-52
240 mMDPC-6[U-2H]2
試料状態イオン強度: 20 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 313 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE7001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRViewJohnson, One Moon Scientificpeak picking
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax構造決定
TopSpinBruker Biospincollection
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: SIMULATED ANNEALING WAS STARTED WITH 3500 AND COOL DOWN TO 100 K WITH 15,000 STEPS. STRUCTURE WAS ENERGY MINIMIZED WITH POWELL ENERGY MINIMIZATION.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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