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- PDB-2ksb: Substance P in isotropic q=0.25 DMPC/CHAPS/GM1 bicelles as a liga... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2ksb
タイトルSubstance P in isotropic q=0.25 DMPC/CHAPS/GM1 bicelles as a ligand for NK1R
要素
  • Substance P
  • Substance-P receptor
キーワードNEUROPEPTIDE RECEPTOR/NEUROPEPTIDE / Substance P / DMPC/CHAPS/GM1 bicelle / Autodock / NK1R / NEUROPEPTIDE RECEPTOR-NEUROPEPTIDE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


substance P receptor binding / substance P receptor activity / tachykinin receptor activity / positive regulation of flagellated sperm motility / aggressive behavior / Tachykinin receptors bind tachykinins / sperm ejaculation / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / insemination / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic ...substance P receptor binding / substance P receptor activity / tachykinin receptor activity / positive regulation of flagellated sperm motility / aggressive behavior / Tachykinin receptors bind tachykinins / sperm ejaculation / positive regulation of uterine smooth muscle contraction / insemination / positive regulation of synaptic transmission, cholinergic / detection of abiotic stimulus / operant conditioning / positive regulation of lymphocyte proliferation / tachykinin receptor signaling pathway / response to ozone / sperm head / positive regulation of action potential / response to auditory stimulus / positive regulation of hormone secretion / smooth muscle contraction involved in micturition / regulation of smooth muscle cell proliferation / positive regulation of blood pressure / positive regulation of vascular permeability / positive regulation of ossification / regulation of smooth muscle cell migration / positive regulation of leukocyte migration / response to pain / eating behavior / associative learning / behavioral response to pain / angiotensin-mediated drinking behavior / sperm flagellum / positive regulation of epithelial cell migration / long-term memory / neuropeptide signaling pathway / response to electrical stimulus / positive regulation of stress fiber assembly / positive regulation of vasoconstriction / sensory perception of pain / sperm midpiece / response to progesterone / positive regulation of epithelial cell proliferation / positive regulation of synaptic transmission, GABAergic / response to nicotine / cellular response to nerve growth factor stimulus / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / cell-cell signaling / response to estradiol / Clathrin-mediated endocytosis / cell body / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / chemical synaptic transmission / G alpha (q) signalling events / response to ethanol / postsynaptic membrane / inflammatory response / axon / neuronal cell body / synapse / dendrite / cell surface / extracellular space / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Tachykinin family / Tachykinin family / Tachykinin domain / Tachykinin family / Neurokinin NK1 receptor / Neurokinin receptor / Tachykinin/Neurokinin-like, conserved site / Tachykinin family signature. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins ...Tachykinin family / Tachykinin family / Tachykinin domain / Tachykinin family / Neurokinin NK1 receptor / Neurokinin receptor / Tachykinin/Neurokinin-like, conserved site / Tachykinin family signature. / Rhopdopsin 7-helix transmembrane proteins / Rhodopsin 7-helix transmembrane proteins / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protachykinin-1 / Substance-P receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics, simulated annealing
Model detailsrandomly chosen, model 1
データ登録者Gayen, A. / Mukhopadhyay, C.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2010
タイトル: NMR evidence of GM1-induced conformational change of Substance P using isotropic bicelles
著者: Gayen, A. / Goswami, S.K. / Mukhopadhyay, C.
履歴
登録2009年12月31日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年11月3日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Substance-P receptor
B: Substance P


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,0302
ポリマ－43,0302
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)5 / 20highest binding energy
代表モデルモデル #1randomly chosen

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要素

#1: タンパク質 Substance-P receptor / SPR / NK-1 receptor / NK-1R / Tachykinin receptor 1


分子量: 41679.840 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-364 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P25103
#2: タンパク質・ペプチド Substance P


分子量: 1350.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Synthetic peptide / 参照: UniProt: P20366
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-1H TOCSY
1212D 1H-1H NOESY
1312D DQF-COSY

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試料調製

詳細内容: 3.92 mM Substance P-1, 18.5 mM DMPC-2, 74.0 mM CHAPS-3, 5.55 mM GM1-4, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
3.92 mMSubstance P-11
18.5 mMDMPC-21
74.0 mMCHAPS-31
5.55 mMGM1-41
試料状態イオン強度: minimum / pH: 5.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 500 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
SPARKY-win32Thomas Goddar解析
XPLOR2.17.0Charles Schwieters構造決定
AutoDock4Arthur J. Olson構造決定
XPLOR2.17.0Charles Schwietersgeometry optimization
AutoDock4Arthur J. Olsongeometry optimization
AutoDock4Arthur J. Olson精密化
精密化手法: molecular dynamics, simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: substance P with NK1, substance P in DMPC/CHAPS/GM1 bicelles from XPLOR; The structures are produced after docking using AUTODOCK using experimental NMR on Chain B
NMR constraintsNOE constraints total: 154 / NOE intraresidue total count: 74 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 35 / NOE sequential total count: 45
代表構造選択基準: randomly chosen
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: highest binding energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 5 / Maximum lower distance constraint violation: 0.5 Å / Maximum upper distance constraint violation: 0 Å / 代表コンフォーマー: 1
NMR ensemble rmsDistance rms dev: 0.005 Å / Distance rms dev error: 0 Å

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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