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- PDB-2krm: RDC refined solution structure of the first SH3 domain of CD2AP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2krm
タイトルRDC refined solution structure of the first SH3 domain of CD2AP
要素CD2-associated protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / protein / SH3 domain
機能・相同性
機能・相同性情報


neurotrophin signaling pathway / response to glial cell derived neurotrophic factor / regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / transforming growth factor beta1 production / localization of cell / Rab protein signal transduction / vascular endothelial growth factor receptor binding / negative regulation of transforming growth factor beta1 production / slit diaphragm ...neurotrophin signaling pathway / response to glial cell derived neurotrophic factor / regulation of receptor-mediated endocytosis / negative regulation of small GTPase mediated signal transduction / transforming growth factor beta1 production / localization of cell / Rab protein signal transduction / vascular endothelial growth factor receptor binding / negative regulation of transforming growth factor beta1 production / slit diaphragm / response to transforming growth factor beta / podocyte differentiation / vesicle organization / immunological synapse formation / endothelium development / nerve growth factor signaling pathway / cell-cell adhesion mediated by cadherin / collateral sprouting / protein heterooligomerization / renal albumin absorption / membrane organization / phosphatidylinositol 3-kinase regulatory subunit binding / glomerulus development / cell-cell junction organization / filopodium assembly / podosome / clathrin binding / maintenance of blood-brain barrier / nuclear envelope lumen / cell leading edge / glucose import / filamentous actin / neurotrophin TRK receptor signaling pathway / centriolar satellite / protein secretion / endocytic vesicle / lymph node development / adipose tissue development / stress-activated MAPK cascade / ruffle / ERK1 and ERK2 cascade / actin filament polymerization / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / trans-Golgi network membrane / liver development / kidney development / cell periphery / positive regulation of protein secretion / actin filament / regulation of actin cytoskeleton organization / actin filament organization / synapse organization / protein catabolic process / response to virus / regulation of synaptic plasticity / response to insulin / neuromuscular junction / lipid metabolic process / fibrillar center / beta-catenin binding / cell-cell adhesion / response to wounding / SH3 domain binding / positive regulation of protein localization to nucleus / male gonad development / neuron projection development / cell-cell junction / actin filament binding / protein transport / cell migration / late endosome / actin binding / T cell receptor signaling pathway / gene expression / cell cortex / growth cone / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / vesicle / response to oxidative stress / negative regulation of neuron apoptotic process / cell population proliferation / cell differentiation / cadherin binding / inflammatory response / neuron projection / cell cycle / cell division / axon / apoptotic process / dendrite / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / protein-containing complex / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
CD2-associated protein, first SH3 domain / CD2-associated protein, second SH3 domain / CD2-associated protein, third SH3 domain / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. ...CD2-associated protein, first SH3 domain / CD2-associated protein, second SH3 domain / CD2-associated protein, third SH3 domain / Variant SH3 domain / SH3 Domains / SH3 domain / SH3 type barrels. / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CD2-associated protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Ortega Roldan, J.A.J. / Azuaga, A.I. / van Nuland, N.A.J.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution Structure, Dynamics and Thermodynamics of the three SH3 domains of CD2AP
著者: Ortega Roldan, J.L. / Blackledge, M. / van Nuland, N.A.J. / Azuaga, A.I.
履歴
登録2009年12月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02011年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CD2-associated protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7651
ポリマ－6,7651
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 CD2-associated protein / Mesenchyme-to-epithelium transition protein with SH3 domains 1 / METS-1


分子量: 6764.564 Da / 分子数: 1 / 断片: SH3-A domain, UNP residues 2-58 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cd2ap, Mets1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9JLQ0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D CBCA(CO)NH
1313D HN(CA)CB
1413D HBHA(CO)NH
1522D 1H-15N HSQC IPAP
1613D HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] SH3-A, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21 mM [U-98% 15N] SH3-A, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMSH3-A[U-98% 13C; U-98% 15N]1
1 mMSH3-A[U-98% 15N]2
試料状態イオン強度: 0 / pH: 6.0 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian Uniform NMR System / 製造業者: Varian / モデル: Uniform NMR System / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
SCULPTORHus, Marion and Blackledge精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 0 / NOE intraresidue total count: 0 / NOE long range total count: 0 / NOE medium range total count: 0 / NOE sequential total count: 0
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 10 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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