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- PDB-2kre: Solution structure of E4B/UFD2A U-Box domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kre
タイトルSolution structure of E4B/UFD2A U-Box domain
要素Ubiquitin conjugation factor E4 B
キーワードPROTEIN BINDING / U-BOX DOMAIN / E3 UBIQUITIN LIGASE / E4 POLYUBIQUITIN CHAIN ELONGATION FACTOR / Phosphoprotein / Ubl conjugation pathway
機能・相同性
機能・相同性情報


granzyme-mediated apoptotic signaling pathway / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / ubiquitin ligase complex / response to UV / ERAD pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / enzyme binding ...granzyme-mediated apoptotic signaling pathway / ubiquitin-ubiquitin ligase activity / ubiquitin ligase complex / response to UV / ERAD pathway / RING-type E3 ubiquitin transferase / protein polyubiquitination / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / enzyme binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin conjugation factor E4, core / Ubiquitin conjugation factor E4 / Ubiquitin elongating factor core / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type ...Ubiquitin conjugation factor E4, core / Ubiquitin conjugation factor E4 / Ubiquitin elongating factor core / U-box domain / U-box domain profile. / Modified RING finger domain / U-box domain / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ubiquitin conjugation factor E4 B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Nomine, Y. / Wasielewski, E. / Botuyan, M. / Mer, G.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: Molecular Basis for the Association of Human E4B U Box Ubiquitin Ligase with E2-Conjugating Enzymes UbcH5c and Ubc4.
著者: Benirschke, R.C. / Thompson, J.R. / Nomine, Y. / Wasielewski, E. / Juranic, N. / Macura, S. / Hatakeyama, S. / Nakayama, K.I. / Botuyan, M.V. / Mer, G.
履歴
登録2009年12月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin conjugation factor E4 B


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,5491
ポリマ－11,5491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitin conjugation factor E4 B / Ubiquitin fusion degradation protein 2 / Homozygously deleted in neuroblastoma 1


分子量: 11548.991 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1208-1302 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HDNB1, KIAA0684, UBE4B, UFD2 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: O95155

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 13C-SEPARATED NOESY
1223D 15N-SEPARATED NOESY
1342D 1H-1H NOESY
141HBOND-J
1513J(NC(GAMMA))
166HBOND-J
1712D 1H-15N HSQC
1822D 1H-15N HSQC
1932D 1H-15N HSQC
11012D 1H-13C HSQC
11132D 1H-13C HSQC
11262D 1H-13C HSQC
11352D 1H-1H NOESY
11413D HNCO
11513D HN(CA)CO
11613D HNCA
11713D HN(CO)CA
11813D HN(CA)CB
11913D CBCA(CO)NH
12013D HBHA(CO)NH
12113D H(CCO)NH
12213D C(CO)NH
12313D (H)CCH-TOCSY
12452D 1H-1H TOCSY
12523D 1H-15N TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11-2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] E4B U-BOX DOMAIN-1, 20 mM sodium phosphate-2, 50 mM sodium chloride-3, 2 mM DTT-4, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
21-2 mM [U-100% 15N] E4B U-BOX DOMAIN-5, 20 mM sodium phosphate-6, 50 mM sodium chloride-7, 2 mM DTT-8, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
31-2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] E4B U-BOX DOMAIN-9, 20 mM sodium phosphate-10, 50 mM sodium chloride-11, 100% D2O100% D2O
42 mM E4B U-BOX DOMAIN-12, 20 mM sodium phosphate-13, 50 mM sodium chloride-14, 2 mM DTT-15, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
51-2 mM E4B U-BOX DOMAIN-16, 20 mM sodium phosphate-17, 50 mM sodium chloride-18, 2 mM DTT-19, 100% D2O100% D2O
61-2 mM [U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H] E4B U-BOX DOMAIN-20, 20 mM sodium phosphate-21, 50 mM sodium chloride-22, 2 mM DTT-23, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mME4B U-BOX DOMAIN-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1-21
20 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
2 mMDTT-41
mME4B U-BOX DOMAIN-5[U-100% 15N]1-22
20 mMsodium phosphate-62
50 mMsodium chloride-72
2 mMDTT-82
mME4B U-BOX DOMAIN-9[U-100% 13C; U-100% 15N]1-23
20 mMsodium phosphate-103
50 mMsodium chloride-113
2 mME4B U-BOX DOMAIN-124
20 mMsodium phosphate-134
50 mMsodium chloride-144
2 mMDTT-154
mME4B U-BOX DOMAIN-161-25
20 mMsodium phosphate-175
50 mMsodium chloride-185
2 mMDTT-195
mME4B U-BOX DOMAIN-20[U-100% 13C; U-100% 15N; U-80% 2H]1-26
20 mMsodium phosphate-216
50 mMsodium chloride-226
2 mMDTT-236
試料状態イオン強度: 50 mM NACL / pH: 7 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
BRUKER AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
XPLOR-NIH2.11.1SCHWIETERS & CLORE精密化
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: DISTANCE GEOMETRY, SIMULATED ANNEALING / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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