PDB-2kqm: Solution structure of the KI O18/O8 Y87H immunoglobulin light cha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kqm

タイトル

Solution structure of the KI O18/O8 Y87H immunoglobulin light chain variable domain

要素

Ig kappa chain V-I region AU

キーワード

IMMUNE SYSTEM (免疫系) /

Amyloidosis (アミロイドーシス) / Immunoglobulin kappa light chain /

homodimer /

Bence-Jones protein (ベンス・ジョーンズ蛋白) /

Disulfide bond (ジスルフィド) /

Immunoglobulin domain (免疫グロブリンフォールド) / Immunoglobulin V region

機能・相同性

抗体 /

Immunoglobulin-like /

サンドイッチ / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

溶液NMR / AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT

Model details

lowest energy, model 1

データ登録者

Volkman, B.F. / Peterson, F.C. / Ramirez-Alvarado, M. / Baden, E.M.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2010
タイトル: A single mutation promotes amyloidogenicity through a highly promiscuous dimer interface.
著者: Peterson, F.C. / Baden, E.M. / Owen, B.A. / Volkman, B.F. / Ramirez-Alvarado, M.

履歴

登録	2009年11月11日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2010年3月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kqm.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kqm.ent.gz	1.2 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kqm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/2kqm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kq/2kqm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2kqnC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4iut-2 4iur-1 6ae8-1 4nft-3 4paw-2 4dix-2 2fgn-d 5o6r-d 4wcc-d 4iup-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ig kappa chain V-I region AU

B: Ig kappa chain V-I region AU

24.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	target function
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: 抗体	Ig kappa chain V-I region AU 分子量: 12103.286 Da / 分子数: 2 / 断片: Immunoglobulin kappa light chain / 変異: Y87H / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Gold(DE3)

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated NOESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY
1	3	1	3D 13C-separated NOESY (AROMATIC)

-
試料調製

詳細

内容: 0.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] kI O18/O8 Y87H-1, 10 mM [U-2H] MES-2, 0.02 % sodium azide-3, 95% H2O, 5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.8 mM	kI O18/O8 Y87H-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
10 mM	MES-2	[U-2H]	1
0.02 %	sodium azide-3		1

試料状態

イオン強度: 8 / pH: 6.8 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance II / 製造業者: Bruker / モデル: Avance II / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
Xplor-NIH	2.9.3	SCHWIETERS,C.D.,KUSZEWSKI,J.J.,TJANDRA,N.,CLORE,G.M.	精密化
TopSpin	2.1	Bruker	collection
nmrPipe	2007	Delagio,F. et al.	解析
XEASY	1.3	Eccles, C., Guntert, P., Billeter, M., Wuthrich, K.	データ解析
GARANT	2.1	C. Bartels	データ解析
Cyana	2.1	Guntert, P.	structural calculation

精密化

手法: AUTOMATED METHODS WERE USED FOR BACKBONE CHEMICAL SHIFT ASSIGNMENT, ITERATIVE NOE REFINEMENT. FINAL STRUCTURES WERE OBTAINED BY MOLECULAR DYNAMICS IN EXPLICIT SOLVENT
ソフトェア番号: 1
詳細: HOMODIMER STRUCTURES ARE BASED ON A TOTAL OF 2477 NOE CONSTRAINTS (410 INTRA, 489 SEQUENTIAL, 340 MEDIUM, 1214 INTRAMONOMER LONG RANGE AND 24 INTERMONOMER NOE CONSTRAINTS) AND 151 PHI AND PSI ...

NMR constraints

NOE constraints total: 2477 / NOE intraresidue total count: 410 / NOE long range total count: 1238 / NOE medium range total count: 340 / NOE sequential total count: 489 / Protein phi angle constraints total count: 73 / Protein psi angle constraints total count: 78

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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