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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 2kq9
タイトル
Solution structure of DnaK suppressor protein from Agrobacterium tumefaciens C58. Northeast Structural Genomics Consortium target AtT12/Ontario Center for Structural Proteomics Target atc0888
要素
DnaK suppressor protein
キーワード
TRANSCRIPTION (転写 (生物学)) / Zinc binding protein (ジンクフィンガー) / Structural Genomics (構造ゲノミクス) / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Ontario Centre for Structural Proteomics / OCSP
0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] atc0888, 10 mM [U-100% 2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 10 uM zinc sulphate, 10 mM [U-100% 2H] DTT, 10 mM benzamidine, 1 x inhibitor cocktail, 90% H2O/10% D2O
90% H2O/10% D2O
2
0.5 mM [U-7% 13C; U-100% 15N] atc0888, 10 mM [U-100% 2H] TRIS, 300 mM sodium chloride, 10 uM zinc sulphate, 10 mM [U-100% 2H] DTT, 10 mM benzamidine, 1 x inhibitor cocktail, 90% H2O/10% D2O
90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)
構成要素
Isotopic labeling
Solution-ID
0.5mM
atc0888-1
[U-100% 13C; U-100% 15N]
1
10mM
TRIS-2
[U-100% 2H]
1
300mM
sodium chloride-3
1
10uM
zinc sulphate-4
1
10mM
DTT-5
[U-100% 2H]
1
10mM
benzamidine-6
1
1 %
inhibitor cocktail-7
1
0.5mM
atc0888-8
[U-7% 13C; U-100% 15N]
2
10mM
TRIS-9
[U-100% 2H]
2
300mM
sodium chloride-10
2
10uM
zinc sulphate-11
2
10mM
DTT-12
[U-100% 2H]
2
10mM
benzamidine-13
2
1 %
inhibitor cocktail-14
2
試料状態
イオン強度: 300 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 298 K
-
NMR測定
NMRスペクトロメーター
タイプ
製造業者
モデル
磁場強度 (MHz)
Spectrometer-ID
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
600
1
Bruker Avance
Bruker
AVANCE
800
2
-
解析
NMR software
名称
バージョン
開発者
分類
NMRPipe
2.3
Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, PfeiferandBax
解析
MDDGUI
1
GutmanasArrowsmith
解析
Sparky
3.95
Goddard
データ解析
Sparky
3.95
Goddard
peakpicking
FAWN
1
LemakandArrowsmith
chemicalshiftassignment
CYANA
2.1
Guntert, MumenthalerandWuthrich
構造決定
CNS
Brunger, Adams, Clore, Gros, NilgesandRead
精密化
AutoStructure
Huang, Tejero, PowersandMontelione
nmrstructurequalityassessment
PSVS
BhattacharyaandMontelione
nmrstructurequalityassessment
精密化
手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造
選択基準: lowest energy
NMRアンサンブル
コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20