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- PDB-2kpu: NMR Structure of YbbR family protein Dhaf_0833 (residues 32-118) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kpu
タイトルNMR Structure of YbbR family protein Dhaf_0833 (residues 32-118) from Desulfitobacterium hafniense DCB-2: Northeast Structural Genomics Consortium target DhR29B
要素YbbR family protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / protein / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG
機能・相同性: / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 - #30 / YbbR-like / YbbR-like protein / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / Beta Complex / Mainly Beta / YbbR family protein
機能・相同性情報
生物種Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsno criteria, model 1
データ登録者Cort, J.R. / Ramelot, T.A. / Yang, Y. / Belote, R.L. / Ciccosanti, C. / Haleema, J. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. ...Cort, J.R. / Ramelot, T.A. / Yang, Y. / Belote, R.L. / Ciccosanti, C. / Haleema, J. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2011
タイトル: Structures of domains I and IV from YbbR are representative of a widely distributed protein family.
著者: Barb, A.W. / Cort, J.R. / Seetharaman, J. / Lew, S. / Lee, H.W. / Acton, T. / Xiao, R. / Kennedy, M.A. / Tong, L. / Montelione, G.T. / Prestegard, J.H.
履歴
登録2009年10月20日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年12月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: YbbR family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,7911
ポリマ－10,7911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 40low energy, few restraint violations, favorable geometry
代表モデルモデル #1no criteria

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要素

#1: タンパク質 YbbR family protein


分子量: 10791.182 Da / 分子数: 1 / 断片: sequence database residues 32-118 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Desulfitobacterium hafniense (バクテリア)
株: DCB-2 / 遺伝子: Dhaf_0833, Dhaf_0833 (32-118) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8FX10

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: structure of fragment 32-118 of the full length protein (437 residues)
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1232D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HN(CA)CB
1713D HBHA(CO)NH
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY
11124D 1H-13C-13C-1H HMQC-NOESY-HMQC

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Dhaf_0833 (32-118), 20 mM ammonium acetate, 200 mM sodium chloride-3, 10 mM calcium chloride-4, 0.02 % sodium azide-5, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.8 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Dhaf_0833 (32-118), 20 mM ammonium acetate, 200 mM sodium chloride, 10 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 100% D2O100% D2O
30.8 mM [5% 13C from 5% U-13C glucose in growth medium; U-100% 15N] Dhaf_0833 (32-118), 20 mM ammonium acetate, 200 mM sodium chloride, 10 mM calcium chloride, 0.02 % sodium azide, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.8 mMDhaf_0833 (32-118)-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMammonium acetate-21
200 mMsodium chloride-31
10 mMcalcium chloride-41
0.02 %sodium azide-51
0.8 mMDhaf_0833 (32-118)-6[U-100% 13C; U-100% 15N]2
20 mMammonium acetate-72
200 mMsodium chloride-82
10 mMcalcium chloride-92
0.02 %sodium azide-102
0.8 mMDhaf_0833 (32-118)-11[5% 13C from 5% U-13C glucose in growth medium; U-100% 15N]3
20 mMammonium acetate-123
200 mMsodium chloride-133
10 mMcalcium chloride-143
0.02 %sodium azide-153
試料状態イオン強度: 0.23 / pH: 4.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Varian INOVAVarianINOVA7502
Bruker AvanceBrukerAVANCE8503

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解析

NMR software
名称開発者分類
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
PSVSBhattacharya and Montelione精密化
FelixAccelrys Software Inc.解析
SparkyGoddardデータ解析
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: no criteria
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: low energy, few restraint violations, favorable geometry
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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