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万見
- PDB-2koy: Structure of the E1064A mutant of the N-domain of Wilson Disease ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2koy
タイトルStructure of the E1064A mutant of the N-domain of Wilson Disease Associated Protein
要素Copper-transporting ATPase 2
キーワードMETAL TRANSPORT / ATP7B / Wilson disease / ATPase / copper transport / ATP binding / ATP-binding / Disease mutation / Golgi apparatus / Hydrolase / Ion transport / Magnesium / Membrane / Metal-binding / Mitochondrion / Nucleotide-binding / Phosphoprotein / Transmembrane / Transport
機能・相同性
機能・相同性情報


protein maturation by copper ion transfer / P-type divalent copper transporter activity / copper ion export / copper ion transmembrane transporter activity / copper ion import / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / sequestering of calcium ion / copper ion transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane ...protein maturation by copper ion transfer / P-type divalent copper transporter activity / copper ion export / copper ion transmembrane transporter activity / copper ion import / P-type Cu+ transporter / P-type monovalent copper transporter activity / sequestering of calcium ion / copper ion transport / xenobiotic detoxification by transmembrane export across the plasma membrane / intracellular zinc ion homeostasis / response to copper ion / Ion transport by P-type ATPases / intracellular copper ion homeostasis / lactation / trans-Golgi network membrane / establishment of localization in cell / late endosome / monoatomic ion transmembrane transport / copper ion binding / viral translational frameshifting / Golgi membrane / Golgi apparatus / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain ...Heavy metal-associated domain, copper ion-binding / P-type ATPase, subfamily IB / Heavy-metal-associated, conserved site / Heavy-metal-associated domain. / Heavy-metal-associated domain / Heavy metal-associated domain superfamily / Heavy-metal-associated domain profile. / Heavy metal-associated domain, HMA / E1-E2 ATPase / P-type ATPase, haloacid dehalogenase domain / P-type ATPase, phosphorylation site / P-type ATPase, cytoplasmic domain N / E1-E2 ATPases phosphorylation site. / P-type ATPase, A domain superfamily / P-type ATPase / P-type ATPase, transmembrane domain superfamily / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Copper-transporting ATPase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Dmitriev, O.Y.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2011
タイトル: Difference in stability of the N-domain underlies distinct intracellular properties of the E1064A and H1069Q mutants of copper-transporting ATPase ATP7B.
著者: Dmitriev, O.Y. / Bhattacharjee, A. / Nokhrin, S. / Uhlemann, E.M. / Lutsenko, S.
履歴
登録2009年10月3日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年12月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22019年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32021年10月13日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Copper-transporting ATPase 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7521
ポリマ－14,7521
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 1000structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Copper-transporting ATPase 2 / Copper pump 2 / Wilson disease-associated protein / WND/140 kDa


分子量: 14752.179 Da / 分子数: 1 / 断片: N-domain / 変異: E1064A, deletion H1115-D1138 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATP7B, PWD, WC1, WND / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P35670, Cu2+-exporting ATPase

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: The E1064A variant of the ATP7B N-domain (residues 1032-1196) modified to delete the disordered loop A1115-H1138
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCO
1313D HNCA
1413D HN(COCA)CB
1513D HN(CA)CB
1613D C(CO)NH
1713D H(CCO)NH
1813D 1H-15N TOCSY
1913D 1H-15N NOESY
11013D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 50 mM sodium phosphate, 5 mM DTT, 0.3 mM DSS, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Solution-ID
50 mMsodium phosphate-11
5 mMDTT-21
0.3 mMDSS-31
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6 / 圧: ambient atm / 温度: 300 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2.1Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
Felix2007Accelrys Software Inc.peak picking
TALOSCornilescu, Delaglio and Bax精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 1000 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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