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万見
- PDB-2koc: NMR solution structure of a 14-mer hairpin RNA with cUUCGg tetraloop -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2koc
タイトルNMR solution structure of a 14-mer hairpin RNA with cUUCGg tetraloop
要素RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*C)-3')
キーワードRNA / UUCG tetraloop / 14-mer hairpin
機能・相同性RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
手法溶液NMR / simulated annealing, torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Nozinovic, S. / Fuertig, B. / Jonker, H.R.A. / Richter, C. / Schwalbe, H.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2009
タイトル: High-resolution NMR structure of an RNA model system: the 14-mer cUUCGg tetraloop hairpin RNA
著者: Nozinovic, S. / Furtig, B. / Jonker, H.R.A. / Richter, C. / Schwalbe, H.
履歴
登録2009年9月17日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年12月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,4551
ポリマ－4,4551
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(P*GP*GP*CP*AP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*UP*GP*CP*C)-3')


分子量: 4454.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: High-Resolution NMR Structure of a RNA model system: the 14mer cUUCGg tetraloop hairpin RNA
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1312D 1H-1H NOESY
2412D 1H-1H NOESY
1513D 1H-13C-31P HCP
1612D 1H-15N IPAP HSQC
1712D 1H-15N IPAP HSQC
1812D 1H-13C IPAP HSQC
1912D 1H-13C IPAP HSQC
11013D HCC-TOCSY-CCH-E.COSY
11113D 1H-13C HC(C)H-TOCSY
11212D 1H-13C G-(H)CCH
11312D 1H-13C CT-TROSY
11413D 1H-13C-31P G-HCP

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試料調製

詳細内容: 0.7mM [U-100% 13C; U-100% 15N] 14-MER RNA-1, 20mM potassium phosphate-2, 0.4mM EDTA-3, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.7 mM14-MER RNA-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMpotassium phosphate-21
0.4 mMEDTA-31
試料状態
Conditions-IDイオン強度pH圧 (kPa)温度 (K)
1206.4ambient atm298 K
2206.4ambient atm278 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE9001
Bruker AvanceBrukerAVANCE7002
Bruker AvanceBrukerAVANCE6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
TopSpin2.1Bruker Biospin解析
Sparky3.113Goddardデータ解析
Sparky3.113Goddardchemical shift assignment
Sparky3.113Goddardpeak picking
CNS1.1Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
ARIA1.2Linge, O'Donoghue and Nilges精密化
精密化手法: simulated annealing, torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
NMR constraintsNOE constraints total: 259 / Hydrogen bond constraints total count: 32
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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