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- PDB-2knt: THE 1.2 ANGSTROM STRUCTURE OF KUNITZ TYPE DOMAIN C5 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2knt
タイトルTHE 1.2 ANGSTROM STRUCTURE OF KUNITZ TYPE DOMAIN C5
要素COLLAGEN
キーワードKUNITZ INHIBITOR / EXTRACELLULAR MATRIX / CONNECTIVE TISSUE
機能・相同性
機能・相同性情報


collagen type VI trimer / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Signaling by PDGF / NCAM1 interactions / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / muscle organ development / Collagen degradation / ECM proteoglycans ...collagen type VI trimer / Collagen chain trimerization / extracellular matrix structural constituent conferring tensile strength / Collagen biosynthesis and modifying enzymes / Signaling by PDGF / NCAM1 interactions / Assembly of collagen fibrils and other multimeric structures / muscle organ development / Collagen degradation / ECM proteoglycans / Integrin cell surface interactions / response to glucose / response to UV / extracellular matrix / phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / serine-type endopeptidase inhibitor activity / sarcolemma / extracellular vesicle / : / neuron apoptotic process / cell adhesion / endoplasmic reticulum lumen / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Collagen alpha-3(VI) chain, vWA domain / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. ...Collagen alpha-3(VI) chain, vWA domain / : / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Factor Xa Inhibitor / Collagen triple helix repeat / Collagen triple helix repeat (20 copies) / von Willebrand factor type A domain / Proteinase inhibitor I2, Kunitz, conserved site / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family signature. / BPTI/Kunitz family of serine protease inhibitors. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain / Kunitz/Bovine pancreatic trypsin inhibitor domain / Pancreatic trypsin inhibitor (Kunitz) family profile. / Pancreatic trypsin inhibitor Kunitz domain superfamily / von Willebrand factor (vWF) type A domain / VWFA domain profile. / von Willebrand factor, type A / von Willebrand factor A-like domain superfamily / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Few Secondary Structures / Irregular / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Collagen alpha-3(VI) chain
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.2 Å
データ登録者Merigeau, K. / Arnoux, B. / Ducruix, A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1998
タイトル: 1.2 A refinement of the Kunitz-type domain from the alpha3 chain of human type VI collagen.
著者: Merigeau, K. / Arnoux, B. / Perahia, D. / Norris, K. / Norris, F. / Ducruix, A.
履歴
登録1997年1月15日処理サイト: BNL
改定 1.01997年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月9日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: database_2 / pdbx_initial_refinement_model ...database_2 / pdbx_initial_refinement_model / software / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年10月23日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: COLLAGEN
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,7342
ポリマ－6,6401
非ポリマー951
水90150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)25.690, 38.040, 28.640
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 COLLAGEN


分子量: 6639.508 Da / 分子数: 1 / 断片: DOMAIN C5, C-TERMINUS OF TYPE VI COLLAGEN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: KUNITZ-TYPE / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): MT-663 / 参照: UniProt: P12111
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 50 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化pH: 3.3
詳細: 0.2M LI2SO4, 0.1M CITRIC ACID, 0.074M NA2HPO4, 1.6M (NH4)2SO4, 10MG/ML, PH3.3
結晶化
*PLUS
温度: 4 ℃ / pH: 3 / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Arnoux, B., (1995) J. Mol. Biol., 246, 609.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
20.2 M1reservoirLi2SO4
30.1 Mcitric acid1reservoir
40.074 M1reservoirNa2HPO4
51.45 Mammonium sulfate1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 291 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: LURE / ビームライン: DW32 / 波長: 0.901
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1995年12月14日
放射モノクロメーター: YES / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.901 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.18→20.4 Å / Num. obs: 16657 / % possible obs: 96 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 46.5
反射 シェル解像度: 1.18→1.21 Å / 冗長度: 2.4 % / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Rsym value: 0.75 / % possible all: 52.5
反射
*PLUS
Num. measured all: 84000
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 61 %

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解析

ソフトウェア
名称分類
MOSFLMデータ削減
Agrovataデータ削減
AMoRE位相決定
SHELXL-93精密化
Agrovataデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1AAP

1aap


解像度: 1.2→7 Å / Num. restraintsaints: 5876 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH AND HUBER
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2057 1600 10 %EVERY 10TH REFLECTION
all0.1489 16307 --
obs0.1455 -96 %-
溶媒の処理溶媒モデル: BABINET
Refine analyzeNum. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 630 / Occupancy sum non hydrogen: 476
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.2→7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数476 0 5 51 532
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONs_bond_d0.024
X-RAY DIFFRACTIONs_angle_d0.033
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_dist0.014
X-RAY DIFFRACTIONs_from_restr_planes0.016
X-RAY DIFFRACTIONs_zero_chiral_vol0.148
X-RAY DIFFRACTIONs_non_zero_chiral_vol0.13
X-RAY DIFFRACTIONs_anti_bump_dis_restr0.01
X-RAY DIFFRACTIONs_rigid_bond_adp_cmpnt0.005
X-RAY DIFFRACTIONs_similar_adp_cmpnt0.043
X-RAY DIFFRACTIONs_approx_iso_adps0.108
ソフトウェア
*PLUS
名称: SHELXL-93 / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Num. reflection obs: 10762
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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