PDB-2kni: High-resolution solution structure of the ASIC1a blocker PcTX1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kni

タイトル

High-resolution solution structure of the ASIC1a blocker PcTX1

要素

Psalmotoxin-1

キーワード

TOXIN (毒素) / Psalmotoxin 1 / pi-theraphotoxin-Pc1a /

cystine knot (シスチンノット) /

spider toxin / peptide toxin /

Disulfide bond (ジスルフィド) / Ionic channel inhibitor /

Knottin /

Neurotoxin (神経毒) /

Secreted (分泌) / ASIC1a inhibitor / acid sensing ion channel 1a inhibitor

機能・相同性

Laminin - #10 /

ラミニン / ion channel regulator activity / Other non-globular / Special /

toxin activity / extracellular region / Psalmotoxin-1

機能・相同性情報

生物種

Psalmopoeus cambridgei (クモ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

Best MolProbity score, model 1

データ登録者

King, G.F. / Mobli, M. / Saez, N.J.

引用

ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2011
タイトル: A dynamic pharmacophore drives the interaction between Psalmotoxin-1 and the putative drug target acid-sensing ion channel 1a.
著者: Saez, N.J. / Mobli, M. / Bieri, M. / Chassagnon, I.R. / Malde, A.K. / Gamsjaeger, R. / Mark, A.E. / Gooley, P.R. / Rash, L.D. / King, G.F.

履歴

登録	2009年8月25日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2010年9月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2013年1月30日	Group: Database references
改定 1.3	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references / Other カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.4	2023年6月14日	Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kni.cif.gz	314 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kni.ent.gz	264.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kni.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/2kni ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kn/2kni	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1lmm
類似構造データ	6ax2-d 2ait-d 2n4y-d 3zq8-d 6r5m-3 1cir-d 2dcw-d 6sy2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	BMRB: 16468

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Psalmotoxin-1

4.79 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	25 / 300	Best MolProbity score
代表モデル	モデル #1	best molprobity score

#1: タンパク質・ペプチド	Psalmotoxin-1 / PcTx1 分子量: 4792.591 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Psalmopoeus cambridgei (クモ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P60514

-
実験

実験

手法:

溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 1H-15N NOESY
1	2	1	3D HN(CA)CB
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D HNCO
1	5	1	3D C(CO)NH
1	6	1	3D H(CCO)NH
1	7	1	2D 1H-15N HSQC
1	8	1	3D HNHB
1	9	1	4D HC(CO)NH-TOCSY
1	10	2	3D 1H-13C NOESY

NMR実験の詳細

Text: This structure was determined using a combination of NOESY-derived distance restraints, TALOS-derived dihedral-angle restraints, and hydrogen-bond restraints derived from a long-range HNCO ...

-
試料調製

詳細

Solution-ID	内容	溶媒系
1	0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PcTx1-1, 93% H2O/7% D2O	93% H2O/7% D2O
2	0.3 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] PcTx1-2, 100% D2O	100% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.3 mM	PcTx1-1	[U-99% 13C; U-99% 15N]	1
0.3 mM	PcTx1-2	[U-99% 13C; U-99% 15N]	2

試料状態

イオン強度: 10 / pH: 6.0 / 圧: AMBIENT / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター	タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 900 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	P.GUNTERT ET AL.	精密化
CYANA	2.1	P.GUNTERT ET AL.	構造決定
XEASY		Bartels et al.	chemical shift assignment
Rowland_NMR_Toolkit		Hoch, Stern et al.	解析

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: best molprobity score

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: Best MolProbity score / 計算したコンフォーマーの数: 300 / 登録したコンフォーマーの数: 25 / 代表コンフォーマー: 1

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-NMR測定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
NMR測定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)