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万見
- PDB-2knd: Psb27 structure from Synechocystis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2knd
タイトルPsb27 structure from Synechocystis
要素Photosystem II 11 kDa protein光化学系II
キーワードPHOTOSYNTHESIS (光合成) / protein (タンパク質) / four-helix bundle (ヘリックスバンドル) / right-handed (利き手) / Photosystem II (光化学系II)
機能・相同性
機能・相同性情報


plasma membrane-derived thylakoid photosystem II / photosystem II repair / チラコイド / photosystem II assembly / plasma membrane-derived thylakoid membrane
類似検索 - 分子機能
Photosystem II Pbs27 / Photosystem II Psb27, cyanobacteria / Photosystem II Pbs27 / Photosystem II Pbs27 superfamily / Photosystem II Pbs27 / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Photosystem II lipoprotein Psb27
類似検索 - 構成要素
生物種Synechocystis sp. (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Cormann, K.U. / Nowaczyk, M.M. / Bangert, J.-A. / Ikeuchi, M. / Roegner, M. / Stoll, R.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2009
タイトル: Structure of Psb27 in solution: implications for transient binding to photosystem II during biogenesis and repair
著者: Cormann, K.U. / Bangert, J.-A. / Ikeuchi, M. / Roegner, M. / Stoll, R. / Nowaczyk, M.M.
履歴
登録2009年8月21日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02009年9月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Photosystem II 11 kDa protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,2341
ポリマ－12,2341
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Photosystem II 11 kDa protein / 光化学系II / Psb27


分子量: 12233.600 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Synechocystis sp. (バクテリア) / 株: PCC 6803 / 遺伝子: slr1645 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P74367

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1313D HNHA
1413D HNHB
1522D 1H-13C HSQC
1623D HNCA
1723D CBCA(CO)NH
1823D HNCO
1923D HBHA(CO)NH
11023D (H)CCH-COSY
11123D (H)CCH-TOCSY
11223D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11.0mM [U-15N] Psb27-1, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.9mM [U-13C; U-15N] Psb27-2, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMPsb27-1[U-15N]1
0.9 mMPsb27-2[U-13C; U-15N]2
試料状態イオン強度: 40 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker DRX / 製造業者: Bruker / モデル: DRX / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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