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万見
- PDB-2kmk: Gfi-1 Zinc Fingers 3-5 complexed with DNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kmk
タイトルGfi-1 Zinc Fingers 3-5 complexed with DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*G)-3')
  • Zinc finger protein Gfi-1
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Tandem Repeat Zinc Finger Domain / Protein-DNA Complex / DNA-binding / Metal-binding / Nucleus / Transcription / Transcription regulation / Zinc / Zinc-finger / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of cell fate specification / positive regulation of cell fate specification / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / mechanosensory behavior / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell fate specification / inner ear morphogenesis / DNA-binding transcription repressor activity / regulation of toll-like receptor signaling pathway / cell fate commitment ...negative regulation of cell fate specification / positive regulation of cell fate specification / positive regulation of interleukin-6-mediated signaling pathway / mechanosensory behavior / inner ear auditory receptor cell differentiation / cell fate specification / inner ear morphogenesis / DNA-binding transcription repressor activity / regulation of toll-like receptor signaling pathway / cell fate commitment / enzyme-substrate adaptor activity / transcription repressor complex / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear matrix / sequence-specific double-stranded DNA binding / negative regulation of neuron projection development / cellular response to lipopolysaccharide / transcription cis-regulatory region binding / nuclear body / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
: / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Zinc finger protein Gfi-1
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing, distance geometry
データ登録者Lee, S. / Wu, Z.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Solution structure of Gfi-1 zinc domain bound to consensus DNA.
著者: Lee, S. / Doddapaneni, K. / Hogue, A. / McGhee, L. / Meyers, S. / Wu, Z.
履歴
登録2009年7月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Zinc finger protein Gfi-1
B: DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*A)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3946
ポリマ－19,1983
非ポリマー1963
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)12 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Zinc finger protein Gfi-1 / Growth factor independent protein 1


分子量: 9403.864 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 312-393 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gfi1, Gfi-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pLysS / 参照: UniProt: Q07120
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*TP*AP*AP*AP*TP*CP*AP*CP*TP*GP*CP*CP*TP*A)-3')


分子量: 4826.169 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*CP*AP*GP*TP*GP*AP*TP*TP*TP*AP*TP*G)-3')


分子量: 4968.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#4: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D HNCA
1313D HN(CA)CB
1413D CBCA(CO)NH
1512D 1H-13C HSQC
1613D 15N-edited TOCSY-HSQC
1713D (H)CCH-TOCSY
1813D 13C-edited NOESY-ctHSQC
1912D 13C,15N-edited TOCSY
11012D 13C,15N-edited NOESY
11113D 15N-edited 1H-15N NOESY-HSQC
11213D 15N-edited 15N-15N NOESY-HSQC
11312D 13C,15N-filtered 13C,15N-selected NOESY
11413D 13C-edited 15N,13C-filtered NOESY-HSQC
11522D 1H-15N TROSY-antiTROSY
11623D (HA)CA(CO)NH
11723D HNCO

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
125 mM [U-2H] sodium acetate-1, 0.1 mM zinc chloride-2, 0.1 mM beta-mercaptoethanol-3, 0.04 % sodium azide-4, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
225 mM [U-2H] sodium acetate-5, 0.1 mM zinc chloride-6, 0.1 mM beta-mercaptoethanol-7, 0.4 % sodium azide-8, 7.1 % polyacrylamide-9, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
25 mMsodium acetate-1[U-2H]1
0.1 mMzinc chloride-21
0.1 mMbeta-mercaptoethanol-31
0.04 %sodium azide-41
25 mMsodium acetate-5[U-2H]2
0.1 mMzinc chloride-62
0.1 mMbeta-mercaptoethanol-72
0.4 %sodium azide-82
7.1 %polyacrylamide-92
試料状態pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker DMXBrukerDMX6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxデータ解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
XwinNMRBruker Biospincollection
精密化手法: simulated annealing, distance geometry / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 12

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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