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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kmi | ||||||
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タイトル | MESD(12-155), The Core Structural Domain of MESD that Is Essential for Proper Folding of LRP5/6 | ||||||
要素 | Mesoderm development candidate 2 | ||||||
キーワード | CHAPERONE / MESD/Boca / LRP5/6 | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / protein localization to cell surface / low-density lipoprotein particle receptor binding / mesoderm development / phagocytosis / ossification / Wnt signaling pathway / protein folding / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | 溶液NMR / simulated annealing | ||||||
Model details | lowest energy, model 1 | ||||||
データ登録者 | Chen, J. / Wang, J. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2010 タイトル: NMR structure note: solution structure of the core domain of MESD that is essential for proper folding of LRP5/6. 著者: Chen, J. / Li, Q. / Liu, C.C. / Zhou, B. / Bu, G. / Wang, J. #1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003 タイトル: Coaxing the LDL receptor family into the fold 著者: Herz, J. / Marschang, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2kmi.cif.gz | 1 MB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2kmi.ent.gz | 887 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2kmi.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2kmi_validation.pdf.gz | 343.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2kmi_full_validation.pdf.gz | 494.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2kmi_validation.xml.gz | 53.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2kmi_validation.cif.gz | 66.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/2kmi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/km/2kmi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16692.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mesdc2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ERE7 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR 詳細: Mesoderm development (MESD) protein is a 195-residue protein that serves as a specialized molecular chaperone to promote the proper folding of the six-bladed ??-propeller/EGF modules of the ...詳細: Mesoderm development (MESD) protein is a 195-residue protein that serves as a specialized molecular chaperone to promote the proper folding of the six-bladed ??-propeller/EGF modules of the LDL receptor family members, and Mesd(12-155) is the most conserved region of Mesd protein. | ||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.0 mM [U-13C; U-15N] mesd12-155, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1.0 mM / 構成要素: mesd12-155-1 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N] |
試料状態 | pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 303 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted 計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20 |