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- PDB-2kmi: MESD(12-155), The Core Structural Domain of MESD that Is Essentia... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kmi
タイトルMESD(12-155), The Core Structural Domain of MESD that Is Essential for Proper Folding of LRP5/6
要素Mesoderm development candidate 2
キーワードCHAPERONE / MESD/Boca / LRP5/6
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / protein localization to cell surface / low-density lipoprotein particle receptor binding / mesoderm development / positive regulation of Wnt signaling pathway / phagocytosis / protein folding chaperone / ossification / protein localization to plasma membrane / Wnt signaling pathway ...positive regulation of skeletal muscle acetylcholine-gated channel clustering / protein localization to cell surface / low-density lipoprotein particle receptor binding / mesoderm development / positive regulation of Wnt signaling pathway / phagocytosis / protein folding chaperone / ossification / protein localization to plasma membrane / Wnt signaling pathway / protein folding / endoplasmic reticulum / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
LRP chaperone MESD / Chaperone for wingless signalling and trafficking of LDL receptor
類似検索 - ドメイン・相同性
LRP chaperone MESD
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Chen, J. / Wang, J.
引用
ジャーナル: J.Biomol.Nmr / 年: 2010
タイトル: NMR structure note: solution structure of the core domain of MESD that is essential for proper folding of LRP5/6.
著者: Chen, J. / Li, Q. / Liu, C.C. / Zhou, B. / Bu, G. / Wang, J.
#1: ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2003
タイトル: Coaxing the LDL receptor family into the fold
著者: Herz, J. / Marschang, P.
履歴
登録2009年7月28日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年6月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mesoderm development candidate 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,6931
ポリマ－16,6931
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Mesoderm development candidate 2


分子量: 16692.848 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mesdc2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ERE7

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Mesoderm development (MESD) protein is a 195-residue protein that serves as a specialized molecular chaperone to promote the proper folding of the six-bladed ??-propeller/EGF modules of the ...詳細: Mesoderm development (MESD) protein is a 195-residue protein that serves as a specialized molecular chaperone to promote the proper folding of the six-bladed ??-propeller/EGF modules of the LDL receptor family members, and Mesd(12-155) is the most conserved region of Mesd protein.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1213D 1H-15N NOESY
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細内容: 1.0 mM [U-13C; U-15N] mesd12-155, 90% H2O/10% D2O / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.0 mM / 構成要素: mesd12-155-1 / Isotopic labeling: [U-13C; U-15N]
試料状態pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
PIPPGarrettchemical shift assignment
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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