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万見
- PDB-2km8: Interdomain RRM packing contributes to RNA recognition in the rna... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2km8
タイトルInterdomain RRM packing contributes to RNA recognition in the rna15, hrp1, anchor RNA 3' processing ternary complex
要素
  • 5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*AP*AP*UP*AP*AP*U)-3'
  • Nuclear polyadenylated RNA-binding protein 4
  • mRNA 3'-end-processing protein RNA15
キーワードRNA binding protein/RNA / 3' processing / RRM domain / rna15p / hrp1p / enhancer element / positioning element / RNA recognition / mRNA processing / Nucleus / RNA-binding / Nonsense-mediated mRNA decay / Phosphoprotein / RNA binding protein-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA cleavage stimulating factor complex / response to DNA damage checkpoint signaling / mRNA cleavage factor complex / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / molecular adaptor activity / mRNA binding ...mRNA cleavage stimulating factor complex / response to DNA damage checkpoint signaling / mRNA cleavage factor complex / mRNA cleavage and polyadenylation specificity factor complex / mRNA 3'-end processing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process, nonsense-mediated decay / cytoplasmic stress granule / mRNA processing / molecular adaptor activity / mRNA binding / RNA binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
HRP1, RNA recognition motif 1 / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain superfamily / Transcription termination and cleavage factor C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily ...HRP1, RNA recognition motif 1 / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain / Transcription termination and cleavage factor, C-terminal domain superfamily / Transcription termination and cleavage factor C-terminal / RRM (RNA recognition motif) domain / RNA recognition motif / RNA recognition motif / Eukaryotic RNA Recognition Motif (RRM) profile. / RNA recognition motif domain / RNA-binding domain superfamily / Nucleotide-binding alpha-beta plait domain superfamily / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / mRNA 3'-end-processing protein RNA15 / Nuclear polyadenylated RNA-binding protein 4
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Leeper, T.C. / Varani, G.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2010
タイトル: Novel Protein-Protein Contacts Facilitate mRNA 3'-Processing Signal Recognition by Rna15 and Hrp1.
著者: Leeper, T.C. / Qu, X. / Lu, C. / Moore, C. / Varani, G.
履歴
登録2009年7月24日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status ...database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*AP*AP*UP*AP*AP*U)-3'
B: mRNA 3'-end-processing protein RNA15
C: Nuclear polyadenylated RNA-binding protein 4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,5133
ポリマ－32,5133
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 5'-R(P*UP*AP*UP*AP*UP*AP*UP*AP*AP*UP*AP*AP*U)-3'


分子量: 4096.478 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
#2: タンパク質 mRNA 3'-end-processing protein RNA15 / rna15p


分子量: 9350.483 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 14 to 97 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: 2.1, RNA15, YGL044C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLys / 参照: UniProt: P25299
#3: タンパク質 Nuclear polyadenylated RNA-binding protein 4 / Cleavage factor IB / CFIB / hrp1p


分子量: 19065.559 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 156 to 322 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: HRP1, NAB4, NAB5, YOL123W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta pLys / 参照: UniProt: Q99383

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: NMR structure of rna15p and hrp1p proteins bound to RNA refined with PREs and RDCs.
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1222D 1H-15N HSQC
1332D 1H-15N HSQC
1442D 1H-15N HSQC
1532D 1H-13C HSQC
1642D 1H-13C HSQC
1752D 1H-13C HSQC
1853D HNCO
1953D HNCA
11053D HN(CA)CB
11153D HN(CO)CA
11253D CBCA(CO)NH
11353D (H)CCH-TOCSY
11453D 1H-15N TOCSY
11553D 1H-15N NOESY
11653D 1H-13C NOESY
11763D 1H-15N NOESY
11863D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.4 mM [U-100% 15N] rna15p-1, 0.4 mM hrp1p-2, 0.4 mM anchor RNA-3, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
20.6 mM rna15p-4, 0.6 mM [U-100% 15N] hrp1p-5, 0.6 mM anchor RNA-6, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
30.35 mM [U-100% 13C] rna15p-7, 0.35 mM [U-100% 15N] hrp1p-8, 0.35 mM anchor RNA-9, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
40.5 mM [U-100% 15N] rna15p-10, 0.5 mM [U-100% 13C] hrp1p-11, 0.5 mM anchor RNA-12, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
50.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] rna15p-13, 0.5 mM hrp1p-14, 0.5 mM anchor RNA-15, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
60.5 mM rna15p-16, 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] hrp1p-17, 0.5 mM anchor RNA-18, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.4 mMrna15p-1[U-100% 15N]1
0.4 mMhrp1p-21
0.4 mManchor RNA-31
0.6 mMrna15p-42
0.6 mMhrp1p-5[U-100% 15N]2
0.6 mManchor RNA-62
0.35 mMrna15p-7[U-100% 13C]3
0.35 mMhrp1p-8[U-100% 15N]3
0.35 mManchor RNA-93
0.5 mMrna15p-10[U-100% 15N]4
0.5 mMhrp1p-11[U-100% 13C]4
0.5 mManchor RNA-124
0.5 mMrna15p-13[U-100% 13C; U-100% 15N]5
0.5 mMhrp1p-145
0.5 mManchor RNA-155
0.5 mMrna15p-166
0.5 mMhrp1p-17[U-100% 13C; U-100% 15N]6
0.5 mManchor RNA-186
試料状態イオン強度: 160 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE5001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002
Bruker AvanceBrukerAVANCE7503

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospincollection
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
SparkyGoddardchemical shift assignment
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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