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- PDB-2km1: Solution structure of the N-terminal domain of the yeast protein Dre2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2km1
タイトルSolution structure of the N-terminal domain of the yeast protein Dre2
要素Protein DRE2
キーワードPROTEIN BINDING / Dre2 / yeast / antiapoptotic
機能・相同性
機能・相同性情報


cytosolic [4Fe-4S] assembly targeting complex / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / cellular response to oxidative stress / molecular adaptor activity / electron transfer activity ...cytosolic [4Fe-4S] assembly targeting complex / negative regulation of hydrogen peroxide-mediated programmed cell death / negative regulation of nitric oxide biosynthetic process / iron-sulfur cluster assembly / mitochondrial intermembrane space / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / cellular response to oxidative stress / molecular adaptor activity / electron transfer activity / metal ion binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fe-S cluster assembly protein Dre2, N-terminal domain / Fe-S cluster assembly protein Dre2, N-terminal / Fe-S cluster assembly protein DRE2 N-terminus / Anamorsin / Anamorsin, C-terminal / Cytokine-induced anti-apoptosis inhibitor 1, Fe-S biogenesis / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fe-S cluster assembly protein DRE2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 1
データ登録者Craescu, C.T. / Soler, N. / Delagoutte, E. / Baldacci, G. / Vernis-Beringue, L.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2012
タイトル: A S-adenosylmethionine methyltransferase-like domain within the essential, Fe-S containing yeast protein Dre2
著者: Soler, N. / Craescu, C.T. / Gallay, J. / Frapart, Y.M. / Mansuy, D. / Raynal, B. / Baldacci, G. / Pastore, A. / Huang, M.E. / Vernis, L.
履歴
登録2009年7月16日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年8月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22011年12月14日Group: Structure summary
改定 1.32012年5月9日Group: Database references
改定 1.42024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_software / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein DRE2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,1401
ポリマ－15,1401
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 Protein DRE2


分子量: 15140.460 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: YKR071C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P36152

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D DQF-COSY
1212D 1H-1H NOESY
1312D 1H-1H TOCSY
1422D 1H-1H TOCSY
1522D 1H-1H NOESY
1622D DQF-COSY
1712D 1H-15N HSQC
1813D 1H-15N NOESYHSQC
1913D 1H-15N TOCSYHSQC
11013D HNCO
11113D HN(CA)CO
11213D HNCA
11313D HN(CO)CA
11413D HN(CA)CB
11523D 1H-13C NOESY
11623D 1H-13 (H)CCH-TOCSY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11mM N-Dre2, 1mM [U-99% 2H] DTT, 100mM sodium chloride, 50mM sodium phosphate, 93% H2O/7% D2O93% H2O/7% D2O
21mM N-Dre2, 1mM [U-99% 2H] DTT, 100mM sodium chloride, 50mM sodium phosphate, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMN-Dre2-11
1 mMDTT-2[U-99% 2H]1
100 mMsodium chloride-31
50 mMsodium phosphate-41
1 mMN-Dre2-52
1 mMDTT-6[U-99% 2H]2
100 mMsodium chloride-72
50 mMsodium phosphate-82
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.8 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian UnityVarianUNITY5001
Bruker AMXBrukerAMX6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
DiscoverI2005Accelrys Software Inc.構造決定
Felix2000.1Accelrys Software Inc.chemical shift assignment
DiscoverI2005Accelrys Software Inc.精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Simulated annealing under experimental restraints and the force field cvff
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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