PDB-2kls: Apo-form of the second Ca2+ binding domain of NCX1.4

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 2kls

タイトル

Apo-form of the second Ca2+ binding domain of NCX1.4

要素

Sodium/calcium exchanger 1

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / sodium calcium exchanger / electrostatic switch / Ca2+ sensor / Ca2+ regulation

機能・相同性

CalX-beta domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Canis familiaris (イヌ)

手法

溶液NMR / torsion angle dynamics

Model details

closest to the average, model 5

データ登録者

Hilge, M. / Aelen, J. / Foarce, A. / Perrakis, A. / Vuister, G.W.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2009
タイトル: Ca2+ regulation in the Na+/Ca2+ exchanger features a dual electrostatic switch mechanism.
著者: Hilge, M. / Aelen, J. / Foarce, A. / Perrakis, A. / Vuister, G.W.

履歴

登録	2009年7月8日	登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2009年8月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2022年3月16日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name
改定 1.3	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	2kls.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb2kls.ent.gz	950.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	2kls.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	2kls_validation.pdf.gz	344 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	2kls_full_validation.pdf.gz	481.2 KB	表示
XML形式データ	2kls_validation.xml.gz	58.7 KB	表示
CIF形式データ	2kls_validation.cif.gz	79.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/2kls ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/2kls	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2kltC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4h09-1 4h09-2 4h09-3 5bpu-3 1gml-1 2n3f-d 5aws-2 5awr-d 6axx-d 1eh1-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Sodium/calcium exchanger 1

18.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	closest to the average

#1: タンパク質	Sodium/calcium exchanger 1 / Na(+)/Ca(2+)-exchange protein 1 分子量: 18727.838 Da / 分子数: 1 / 断片: Second Ca2+ binding domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis familiaris (イヌ) / 遺伝子: SLC8A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21 / Variant (発現宿主): DE3
配列の詳細	THE DIFFERENCES BETWEEN THE DEPOSITED SEQUENCE AND THE SEQUENCE OF UNP ENTRY P23685 ORIGINATE FROM ...THE DIFFERENCES BETWEEN THE DEPOSITED SEQUENCE AND THE SEQUENCE OF UNP ENTRY P23685 ORIGINATE FROM THE FACT THAT THERE ARE SEVERAL SPLICE FORMS. P23685 CONTAINS ALL EXONS (A,C,D,E AND F). THE DEPOSITED STRUCTURE CONTAINS ONLY EXONS A AND D (OFTEN ALSO TERMED AS NCX1.4).

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	2D 1H-15N HSQC
1	2	1	3D HN(CA)CB
1	3	1	3D CBCA(CO)NH
1	4	1	3D (H)CCH-TOCSY
1	5	1	3D HNHA
1	6	1	3D 1H-15N NOESY
1	7	1	3D 1H-13C NOESY aliphatic
1	8	1	3D 1H-13C NOESY aromatic

-
試料調製

詳細

内容: 0.5 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Na+/Ca2+ exchanger, 20 mM Hepes, 20 mM b-mercaptoethanol, 10mM EDTA, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O

試料

濃度 (mg/ml)	構成要素	Isotopic labeling	Solution-ID
0.5 mM	Na+/Ca2+ exchanger-1	[U-100% 13C; U-100% 15N]	1
20 mM	Hepes-2		1
20 mM	b-mercaptoethanol-3		1
10 mM	EDTA-4		1

試料状態

イオン強度: 0.02 / pH: 7.0 / 圧: ambient / 温度: 306 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター

タイプ	製造業者	モデル	磁場強度 (MHz)	Spectrometer-ID
Varian INOVA	Varian	INOVA	800	1
Varian INOVA	Varian	INOVA	600	2

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
CYANA	2.1	Herrmann, Guntert, Wuthrich	構造決定
X-PLOR		Brunger	精密化

精密化

手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1

NMR constraints

NOE constraints total: 2623 / NOE long range total count: 1288

代表構造

選択基準: closest to the average

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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