[日本語] English
万見
- PDB-2kll: Solution structure of human interleukin-33 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kll
タイトルSolution structure of human interleukin-33
要素Interleukin-33
キーワードCYTOKINE / interleukin / beta-trefoil / Polymorphism / Secreted
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-33 receptor binding / negative regulation of macrophage proliferation / positive regulation of CD86 production / positive regulation of CD80 production / positive regulation of cellular defense response / Interleukin-33 signaling / positive regulation of MHC class I biosynthetic process / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of immunoglobulin production / microglial cell activation involved in immune response ...interleukin-33 receptor binding / negative regulation of macrophage proliferation / positive regulation of CD86 production / positive regulation of CD80 production / positive regulation of cellular defense response / Interleukin-33 signaling / positive regulation of MHC class I biosynthetic process / negative regulation of T-helper 1 type immune response / negative regulation of immunoglobulin production / microglial cell activation involved in immune response / negative regulation of inflammatory response to wounding / negative regulation of leukocyte migration / interleukin-33-mediated signaling pathway / microglial cell proliferation / positive regulation of type 2 immune response / positive regulation of neuroinflammatory response / positive regulation of interleukin-13 production / positive regulation of interleukin-5 production / type 2 immune response / positive regulation of macrophage activation / positive regulation of MHC class II biosynthetic process / positive regulation of immunoglobulin production / positive regulation of oligodendrocyte differentiation / positive regulation of interleukin-4 production / positive regulation of nitric-oxide synthase biosynthetic process / macrophage differentiation / negative regulation of type II interferon production / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / transport vesicle / positive regulation of cytokine production / cytokine activity / cellular response to mechanical stimulus / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of interleukin-6 production / protein import into nucleus / positive regulation of tumor necrosis factor production / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / PIP3 activates AKT signaling / chromosome / gene expression / PI5P, PP2A and IER3 Regulate PI3K/AKT Signaling / defense response to virus / Ub-specific processing proteases / intracellular membrane-bounded organelle / positive regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular region / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Interleukin-33 / : / Interleukin 33 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) - #50 / Trefoil (Acidic Fibroblast Growth Factor, subunit A) / Trefoil / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Lingel, A. / Fairbrother, W.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2009
タイトル: Structure of IL-33 and its interaction with the ST2 and IL-1RAcP receptors--insight into heterotrimeric IL-1 signaling complexes.
著者: Lingel, A. / Weiss, T.M. / Niebuhr, M. / Pan, B. / Appleton, B.A. / Wiesmann, C. / Bazan, J.F. / Fairbrother, W.J.
履歴
登録2009年7月6日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年11月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / struct_ref
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _struct_ref.pdbx_seq_one_letter_code
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Interleukin-33


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,1591
ポリマ－18,1591
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: タンパク質 Interleukin-33 / IL-33 / Interleukin-1 family member 11 / IL-1F11 / Nuclear factor from high endothelial venules / NF-HEV


分子量: 18159.301 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 110-270 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL33, C9orf26, IL1F11, NFHEV / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95760

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 1H-15N NOESY
1243D 1H-13C NOESY
1313D HNHA
1422D 1H-1H NOESY
1533D HNCA
1633D HN(CA)CB
1733D CBCA(CO)NH
1833D C(CO)NH
1933D H(CCO)NH
11043D (H)CCH-TOCSY
11112D 1H-15N HSQC
11232D 1H-13C HSQC

-
試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
11 mM [U-100% 15N] Interleukin-33, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
21 mM Interleukin-33, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 5 mM [U-100% 2H] beta-mercaptoethanol, 100% D2O100% D2O
31 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Interleukin-33, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 5 mM beta-mercaptoethanol, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
41 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Interleukin-33, 20 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 5 mM [U-100% 2H] beta-mercaptoethanol, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMInterleukin-33[U-100% 15N]1
20 mMsodium phosphate1
100 mMsodium chloride1
5 mMbeta-mercaptoethanol1
1 mMInterleukin-332
20 mMsodium phosphate2
100 mMsodium chloride2
5 mMbeta-mercaptoethanol[U-100% 2H]2
1 mMInterleukin-33[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMsodium phosphate3
100 mMsodium chloride3
5 mMbeta-mercaptoethanol3
1 mMInterleukin-33[U-100% 13C; U-100% 15N]4
20 mMsodium phosphate4
100 mMsodium chloride4
5 mMbeta-mercaptoethanol[U-100% 2H]4
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 6.5 / 圧: ambient atm / 温度: 308 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DRXBrukerDRX6001
Bruker DRXBrukerDRX8002
Bruker DRXBrukerDRX9003

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpinBrukercollection
CCPNCCPNデータ解析
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
ARIA2.2Linge, O'Donoghue and Nilges構造決定
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read構造決定
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrich表示
CNSBrunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Distance restraints were derived from 15N- or 13C-resolved 3D NOESY experiments and a 2D homonuclear 1H NOESY experiment. Restraints for the backbone angles phi and psi were derived from ...詳細: Distance restraints were derived from 15N- or 13C-resolved 3D NOESY experiments and a 2D homonuclear 1H NOESY experiment. Restraints for the backbone angles phi and psi were derived from TALOS. Stereospecific assignments of Leu, Val methyl groups were obtained using a 10% fractionally 13C-labeled sample. For the definition of H-bonds, slowly exchanging amide protons were identified from 1H, 15N correlation experiments after redissolving lyophilized protein in D2O.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 10

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る