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万見
- PDB-2kl8: Solution NMR Structure of de novo designed ferredoxin-like fold p... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kl8
タイトルSolution NMR Structure of de novo designed ferredoxin-like fold protein, Northeast Structural Genomics Consortium Target OR15
要素OR15
キーワードDE NOVO PROTEIN / Structural Genomics / Protein NMR / NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM (NESG) / Target OR15 / PSI-2 / Protein Structure Initiative / FERRODOXIN FOLD
機能・相同性Ribosomal protein S10 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種artificial gene (人工物)
手法溶液NMR / distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
Model detailsfewest violations, model 1
データ登録者Liu, G. / Koga, N. / Jiang, M. / Koga, R. / Xiao, R. / Ciccosanti, C. / Baker, D. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: Nature / 年: 2012
タイトル: Principles for designing ideal protein structures.
著者: Koga, N. / Tatsumi-Koga, R. / Liu, G. / Xiao, R. / Acton, T.B. / Montelione, G.T. / Baker, D.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22012年10月31日Group: Database references
改定 1.32012年11月7日Group: Database references
改定 1.42013年1月23日Group: Database references
改定 1.52020年2月26日Group: Data collection / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.62024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: OR15


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,0661
ポリマ－10,0661
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1fewest violations

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要素

#1: タンパク質 OR15


分子量: 10066.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) artificial gene (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)+ Magic

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HNCO
1513D HNCA
1613D HN(CA)CB
1713D H(CCO)NH
1813D HN(CO)CA
1913D simutaneous 1H, 15N, 13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 0.47 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] OR15, 95% H2O/5% D2O
溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 0.47 mM / 構成要素: OR15-1 / Isotopic labeling: [U-100% 13C; U-100% 15N]
試料状態pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CNSBrunger A. T. et.al.精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichデータ解析
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelione精密化
AutoStructureHuang, Tejero, Powers and Montelioneデータ解析
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
AutoAssignZimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelioneデータ解析
XEASYBartels et al.chemical shift assignment
XEASYBartels et al.データ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpinBruker Biospincollection
VnmrJVariancollection
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
精密化手法: distance geometry, simulated annealing, molecular dynamics
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: fewest violations
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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