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万見
- PDB-2kl7: Solution NMR Structure of the EGF-like 1 Domain of Human Fibulin-... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kl7
タイトルSolution NMR Structure of the EGF-like 1 Domain of Human Fibulin-4. Northeast Structural Genomics Target HR6275
要素Fibulin-4
キーワードSIGNALING PROTEIN / STRUCTURAL PROTEIN / secreted / Calcium / Disease mutation / Disulfide bond / EGF-like domain / Glycoprotein / Polymorphism / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


elastic fiber assembly / Molecules associated with elastic fibres / extracellular matrix structural constituent / basement membrane / extracellular vesicle / collagen-containing extracellular matrix / calcium ion binding / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
EGF-containing fibulin-like extracellular matrix protein 2 / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / Calcium-binding EGF domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain ...EGF-containing fibulin-like extracellular matrix protein 2 / Complement Clr-like EGF domain / Complement Clr-like EGF-like / Calcium-binding EGF domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / Growth factor receptor cysteine-rich domain superfamily / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain
類似検索 - ドメイン・相同性
EGF-containing fibulin-like extracellular matrix protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / molecular dynamics
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Rossi, P. / Chiang, Y. / Anderson, S. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR Structure of the EGF-like 1 Domain of Human Fibulin-4. Northeast Structural Genomics Target HR6275
著者: Rossi, P. / Chiang, Y. / Anderson, S. / Montelione, G.T.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibulin-4


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,5761
ポリマ－7,5761
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Fibulin-4 / EGF-containing fibulin-like extracellular matrix protein 2 / FIBL-4 / Protein UPH1


分子量: 7576.424 Da / 分子数: 1 / 断片: EGF-like 1 domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EFEMP2, FBLN4, UNQ200/PRO226 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95967

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D HN(CA)CB
1513D HNCO
1613D HBHA(CO)NH
1713D HN(CA)CO
1813D 1H-15N NOESY
1913D 1H-13C NOESY
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D (H)CCH-COSY
11213D CCH-TOCSY
11312D 1H-15N HMQC
11412D 1H-15N het NOE
11511D 15N T1 series
11611D 15N T2 series
11722D 1H-15N HSQC
NMR実験の詳細Text: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING AND BY NMR. T1/T2(CPMG) T1=664.9 MS T2=128.48 MS TAUC=4.8 NS. CONSISTENT WITH MOLECULAR WEIGHT OF MONOMERIC UNIT. STRUCTURE DETERMINED ...Text: MONOMER BY GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY/LIGHT SCATTERING AND BY NMR. T1/T2(CPMG) T1=664.9 MS T2=128.48 MS TAUC=4.8 NS. CONSISTENT WITH MOLECULAR WEIGHT OF MONOMERIC UNIT. STRUCTURE DETERMINED BY TRIPLE RESONANCE NMR SPECTROSCOPY. ASSIGNMENT STATS (ALL RESIDUES INCLUDED): BACKBONE 91.89%, SIDECHAIN 83.74%, AROMATIC (SC) 100%. UNAMBIGUOUS SIDECHAIN NH2 100%.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.6 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] protein, 150 mM sodium chloride, 20 mM MES, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
20.3 mM [U-100% 15N] protein, 150 mM sodium chloride, 20 mM MES, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.6 mMprotein-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
150 mMsodium chloride-21
20 mMMES-31
50 uMDSS-41
0.3 mMprotein-5[U-100% 15N]2
150 mMsodium chloride-62
20 mMMES-72
50 uMDSS-82
試料状態イオン強度: 0.15 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA3Guntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
TopSpin2.1Bruker Biospincollection
PSVS1.3Bhattacharya and Montelione構造検証
Sparky2.113Goddardデータ解析
PINEBahrami, Markley, Assadi, and Eghbalniaデータ解析
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichvisualization
PyMOLDeLano Scientificvisualization
PdbStat5.1Tejero, Montelionepdb processing
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
詳細: NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA-3.0. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET FUNCTION SELECTED WITH CYANA-3.0. SELECTED MODELS ARE FURTHER REFINED USING CNS IN EXPLICIT WATER SHELL (NILGES PROTOCOL ...詳細: NOESY ASSIGNMENTS BY CYANA-3.0. 20 OF 100 STRUCTURES LOWEST TARGET FUNCTION SELECTED WITH CYANA-3.0. SELECTED MODELS ARE FURTHER REFINED USING CNS IN EXPLICIT WATER SHELL (NILGES PROTOCOL WITH PARAM19). STRUCTURE BASED ON 776 NOE, 106 DIHE. MAX NOE VIOLATION: 0.23 A (1MODEL); MAX DIHE VIOLATION: 7.1 DEG. 1 TOTAL CLOSE CONTACTS PER 20 MODELS. STRUCTURE QUALITY FACTOR (PSVS 1.3): ORDERED RESIDUES RANGES: 11-34,53-66 (FINDCORE). SECONDARY STRUCTURE - BETA STRANDS: 17-21, 25-29, 61-63. RMSD(ANG): BACKBONE 1.0, ALL HEAVY ATOMS 1.3. RAMA. DISTRIBUTION: 94.1/5.9/0.0/0.0. PROCHECK (PSI-PHI): -0.38/-1.18 (RAW/Z), PROCHECK (ALL): -0.22/-1.30 (RAW/Z), MOLPROBITY CLASH: 16.14/-1.24 (RAW/Z). RPF SCORES ALL ASSIGNED RESIDUES (FIT OF NOESY PEAKLISTS TO STRUCTURE): RECALL: 0.880, PRECISION: 0.916, F-MEASURE: 0.898, DP-SCORE: 0.651.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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