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- PDB-2kl2: NMR solution structure of A2LD1 (gi:13879369) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kl2
タイトルNMR solution structure of A2LD1 (gi:13879369)
要素AIG2-like domain-containing protein 1
キーワードTRANSFERASE / PROTEIN / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / gamma-glutamylamine cyclotransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


gamma-glutamylamine cyclotransferase / modified amino acid catabolic process / gamma-glutamylaminecyclotransferase activity
類似検索 - 分子機能
Gamma-glutamylaminecyclotransferase / Gamma-glutamylcyclotransferase, AIG2-like domain / Gamma-glutamyl cyclotransferase, AIG2-like / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like / Hypothetical upf0131 protein ytfp / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like / Gamma-glutamyl cyclotransferase-like superfamily / Roll / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Gamma-glutamylaminecyclotransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsclosest to the average, model 4
データ登録者Pedrini, B. / Serrano, P. / Mohanty, B. / Geralt, M. / Herrmann, T. / Wuthrich, K. / Wilson, I. / Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2010
タイトル: Comparison of NMR and crystal structures highlights conformational isomerism in protein active sites.
著者: Serrano, P. / Pedrini, B. / Geralt, M. / Jaudzems, K. / Mohanty, B. / Horst, R. / Herrmann, T. / Elsliger, M.A. / Wilson, I.A. / Wuthrich, K.
履歴
登録2009年6月30日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年7月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AIG2-like domain-containing protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0991
ポリマ－17,0991
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 80target function
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質 AIG2-like domain-containing protein 1


分子量: 17099.146 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: a2ld1, gi-13879369 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q923B0

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1115D APSY CBCA(CO)NH
1215D APSY (HA)CA(CO)NH
1314D APSY HACANH
1413D APSY (HA)CANH
1513D HNCA
1613D aliphatic 1H-13C NOESY
1713D aromatic 1H-13C NOESY
1813D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.1 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] gi-13879369, 25 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 4.5 mM [U-100% 2H] DTT, 0.5 mM DTT, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.1 mMgi-13879369-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
25 mMsodium phosphate-21
50 mMsodium chloride-31
4.5 mMDTT-4[U-100% 2H]1
0.5 mMDTT-51
試料状態イオン強度: 80.25 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AvanceBrukerAVANCE8001
Bruker AvanceBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
ATNOSHerrmann, Guntert and Wuthrichpeak picking
CANDIDHerrmann, Guntert and Wuthrichcollection of distance restraints
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
OPALLuginbuhl, Guntert, Billeter and Wuthrich精密化
GAPROHiller, Fiorito, Wider Wuthrichgeometric analysis of 2d apsy projections
MATCHVolk, Herrmann, Wuthrichbackbione assignment from apsy peaks
ASCANFiorito, Herrmann, Wuthrichsidechain assignment with noesy spectra
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 80 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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