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- PDB-2kkp: Solution NMR structure of the phage integrase SAM-like Domain fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kkp
タイトルSolution NMR structure of the phage integrase SAM-like Domain from Moth 1796 from Moorella thermoacetica. Northeast Structural Genomics Consortium Target MtR39K (residues 64-171).
要素Phage integrase
キーワードDNA BINDING PROTEIN / SAM-like domain / alpha-helical bundle / Structural Genomics / PSI-2 / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / Unknown function
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA integration / DNA recombination / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / : / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal ...Phage integrase, N-terminal SAM-like domain / Integrase, SAM-like, N-terminal / : / Tyrosine recombinase, N-terminal domain / Phage integrase family / Core-binding (CB) domain / Core-binding (CB) domain profile. / Integrase, catalytic domain / Tyrosine recombinase domain profile. / Integrase/recombinase, N-terminal / Integrase-like, catalytic domain superfamily / DNA breaking-rejoining enzyme, catalytic core / DNA polymerase; domain 1 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Moorella thermoacetica ATCC 39073 (バクテリア)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailslowest energy, model 1
データ登録者Ramelot, T.A. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Jang, M. / Nair, R. / Rost, B. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. ...Ramelot, T.A. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Jang, M. / Nair, R. / Rost, B. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution NMR structure of the phage integrase SAM-like Domain from Moth 1796 from Moorella thermoacetica. Northeast Structural Genomics Consortium Target MtR39K (residues 64-171).
著者: Ramelot, T.A. / Wang, H. / Ciccosanti, C. / Jang, M. / Nair, R. / Rost, B. / Swapna, G. / Acton, T.B. / Xiao, R. / Everett, J.K. / Montelione, G.T. / Kennedy, M.A.
履歴
登録2009年6月26日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02009年9月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phage integrase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,6491
ポリマ－13,6491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 150structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Phage integrase


分子量: 13648.683 Da / 分子数: 1 / 断片: SAM-like domain sequence database residues 64-171 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Moorella thermoacetica ATCC 39073 (バクテリア)
遺伝子: Moth 1796, Moth_1796 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) pMGK / 参照: UniProt: Q2RHJ2

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: SAM is "sterile alpha motif" The phage integrase N-terminal SAM-like domain -Proteins containing this domain cleave DNA substrates by a series of staggered cuts, during which the protein ...詳細: SAM is "sterile alpha motif" The phage integrase N-terminal SAM-like domain -Proteins containing this domain cleave DNA substrates by a series of staggered cuts, during which the protein becomes covalently linked to the DNA through a catalytic tyrosine residue at the carboxy end of the alignment
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D CBCA(CO)NH
1413D C(CO)NH
1513D HNCO
1613D HNCA
1713D HN(CA)CB
1813D HBHA(CO)NH
1913D H(CCO)NH
11013D (H)CCH-TOCSY
11113D 1H-15N NOESY
11213D 1H-13C NOESY
11334D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Moth_1796, 20 mM MES, 200 mM potassium chloride-3, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
21.1 mM [U-5% 13C; U-99% 15N] Moth_1796, 20 mM MES, 200 mM potassium chloride, 90% H2O/10% D2O90% H2O/10% D2O
3.9 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] Moth_1796, 20 mM MES, 200 mM sodium chloride, 100% D2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.9 mMMoth_1796-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1
20 mMMES-21
200 mMpotassium chloride-31
1.1 mMMoth_1796-4[U-5% 13C; U-99% 15N]2
20 mMMES-52
200 mMpotassium chloride-62
.9 mMMoth_1796-7[U-100% 13C; U-100% 15N]3
20 mMMES-83
200 mMsodium chloride-93
試料状態イオン強度: 0.2 / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA6001
Bruker AvanceBrukerAVANCE8502

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AutoAssign2.3Zimmerman, Moseley, Kulikowski and Montelionechemical shift assignment
NMRPipe2008Delaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
VNMR6.1CVariancollection
TopSpin2.1.3Bruker Biospincollection
AutoStructure2.2.1Huang, Tejero, Powers and Montelione構造決定
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
CNS1.2Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
Sparky3.113Goddardデータ解析
PSVSBhattacharya and Montelione構造決定
PdbStat5.1Roberto Tejero and Gaetano T. Montelione構造決定
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
詳細: Original NOE assgnments were done with CYANA. This NOE restraints list was refined using iterative cycles of XPLOR-NIH standalone, and XPLOR+HB and CNSw refinement.
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 150 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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