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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 2kiz | ||||||
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タイトル | Solution structure of Arkadia RING-H2 finger domain | ||||||
要素 | E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia | ||||||
キーワード | METAL BINDING PROTEIN / ARKADIA / RING-H2 FINGER / E3 LIGASE / ZN BINDING DOMAIN / Metal-binding / Zinc-finger | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SUMO polymer binding / global genome nucleotide-excision repair / pattern specification process / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / positive regulation of protein ubiquitination / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / RING-type E3 ubiquitin transferase / PML body ...SUMO polymer binding / global genome nucleotide-excision repair / pattern specification process / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / positive regulation of protein ubiquitination / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / RING-type E3 ubiquitin transferase / PML body / Formation of Incision Complex in GG-NER / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | 溶液NMR / torsion angle dynamics | ||||||
Model type details | minimized average | ||||||
データ登録者 | Kandias, N.G. / Chasapis, C.T. / Bentrop, D. / Episkopou, V. / Spyroulias, G.A. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2012 タイトル: NMR-based insights into the conformational and interaction properties of Arkadia RING-H2 E3 Ub ligase. 著者: Chasapis, C.T. / Kandias, N.G. / Episkopou, V. / Bentrop, D. / Spyroulias, G.A. #1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2009 タイトル: High yield expression and NMR characterization of Arkadia E3 ubiquitin ligase RING-H2 finger domain. 著者: Kandias, N.G. / Chasapis, C.T. / Bentrop, D. / Episkopou, V. / Spyroulias, G.A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 2kiz.cif.gz | 728.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb2kiz.ent.gz | 640.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 2kiz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 2kiz_validation.pdf.gz | 364.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 2kiz_full_validation.pdf.gz | 540 KB | 表示 | |
XML形式データ | 2kiz_validation.xml.gz | 31.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 2kiz_validation.cif.gz | 56.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/2kiz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ki/2kiz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 7960.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF111 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZNA4 |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR / 詳細: Recombinant RING finger polypeptide (RING-H2 type) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | 内容: 1.0 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] RING Finger monomer, 50 mM Pi, 90% H2O/10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O | ||||||||||||
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試料 |
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試料状態 | イオン強度: 50 / pH: 6.9 / 圧: ambient / 温度: 298 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター | タイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: Avance / 磁場強度: 600 MHz |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1 | ||||||||||||
代表構造 | 選択基準: minimized average structure | ||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 31 / 登録したコンフォーマーの数: 31 |