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- PDB-2kiz: Solution structure of Arkadia RING-H2 finger domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2kiz
タイトルSolution structure of Arkadia RING-H2 finger domain
要素E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / ARKADIA / RING-H2 FINGER / E3 LIGASE / ZN BINDING DOMAIN / Metal-binding / Zinc-finger
機能・相同性
機能・相同性情報


SUMO polymer binding / global genome nucleotide-excision repair / pattern specification process / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / positive regulation of protein ubiquitination / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / RING-type E3 ubiquitin transferase / PML body ...SUMO polymer binding / global genome nucleotide-excision repair / pattern specification process / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / SMAD binding / positive regulation of protein ubiquitination / Downregulation of SMAD2/3:SMAD4 transcriptional activity / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / RING-type E3 ubiquitin transferase / PML body / Formation of Incision Complex in GG-NER / protein polyubiquitination / ubiquitin protein ligase activity / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia, N-terminal / E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia N-terminus / : / Ring finger domain / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type
類似検索 - ドメイン・相同性
E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
Model type detailsminimized average
データ登録者Kandias, N.G. / Chasapis, C.T. / Bentrop, D. / Episkopou, V. / Spyroulias, G.A.
引用
ジャーナル: Proteins / 年: 2012
タイトル: NMR-based insights into the conformational and interaction properties of Arkadia RING-H2 E3 Ub ligase.
著者: Chasapis, C.T. / Kandias, N.G. / Episkopou, V. / Bentrop, D. / Spyroulias, G.A.
#1: ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2009
タイトル: High yield expression and NMR characterization of Arkadia E3 ubiquitin ligase RING-H2 finger domain.
著者: Kandias, N.G. / Chasapis, C.T. / Bentrop, D. / Episkopou, V. / Spyroulias, G.A.
履歴
登録2009年5月13日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年5月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22013年3月20日Group: Database references
改定 1.32024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,0913
ポリマ－7,9601
非ポリマー1312
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)31 / 31target function
代表モデルモデル #1minimized average structure

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要素

#1: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Arkadia / RING finger protein 111


分子量: 7960.034 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: RNF111 / プラスミド: pGEX / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6ZNA4
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR / 詳細: Recombinant RING finger polypeptide (RING-H2 type)
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1112D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HN(CO)CA
1413D HNCA
1513D CBCA(CO)NH
1613D HN(CA)CB
1713D HNCO
1813D (H)CCH-TOCSY
1913D HBHA(CO)NH
11012D (HB)CB(CGCD)HDarom
11112D 2J-edited 1H-15N HSQC
11213D 1H-15N NOESY
11313D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細内容: 1.0 mM [U-98% 13C; U-98% 15N] RING Finger monomer, 50 mM Pi, 90% H2O/10% D2O
溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.0 mMRING Finger monomer[U-98% 13C; U-98% 15N]1
50 mMPi1
試料状態イオン強度: 50 / pH: 6.9 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker Avance / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CARA1.8.4Keller, R. et al.chemical shift assignment
AMBER 4.1EARLMAN,CASE,CALDWELL,ROSS,CHEATHAM, FERGUSON, SEIBEL,SINGH,WEINER,KOLLMAN精密化
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average structure
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 31 / 登録したコンフォーマーの数: 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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