[日本語] English
万見
- PDB-2khu: Solution Structure of the Ubiquitin-Binding Motif of Human Polyme... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2khu
タイトルSolution Structure of the Ubiquitin-Binding Motif of Human Polymerase Iota
要素Immunoglobulin G-binding protein G, DNA polymerase iota
キーワードTransferase/protein binding / UBM / ubiquitin-binding domain / polymerase iota / translesion synthesis / TLS / Immunoglobulin G-binding protein / ubiquitin-BINDING PROTEIN / Transferase-protein binding complex
機能・相同性
機能・相同性情報


IgG binding / error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication ...IgG binding / error-prone translesion synthesis / translesion synthesis / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / cytoplasmic ribonucleoprotein granule / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase / DNA-directed DNA polymerase activity / DNA replication / nuclear speck / DNA repair / extracellular region / nucleoplasm / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily ...HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / : / DNA polymerase-iota, thumb domain / IgG-binding B / B domain / M protein-type anchor domain / GA-like domain / GA-like domain / Immunoglobulin/albumin-binding domain superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin G-binding protein G / DNA polymerase iota
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus sp. (バクテリア)
Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Bomar, M.G. / D'Souza, S. / Bienko, M. / Dikic, I. / Walker, G.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2010
タイトル: Unconventional Ubiquitin Recognition by the Ubiquitin-Binding Motif within the Y Family DNA Polymerases iota and Rev1.
著者: Bomar, M.G. / D'Souza, S. / Bienko, M. / Dikic, I. / Walker, G.C. / Zhou, P.
履歴
登録2009年4月11日登録サイト: BMRB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年2月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22022年3月16日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Immunoglobulin G-binding protein G, DNA polymerase iota


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,3491
ポリマ－12,3491
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)25 / 40structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: 抗体 Immunoglobulin G-binding protein G, DNA polymerase iota / IgG-binding protein G / RAD30 homolog B / Eta2


分子量: 12348.556 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 304-357, 676-715 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Streptococcus sp., Homo sapiens / 遺伝子: spg, POLI, RAD30B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P19909, UniProt: Q9UNA4, DNA-directed DNA polymerase
配列の詳細ACCORDING TO THE AUTHORS THE N-TERMINAL PART IS A GB1 TAG USED FOR ENHANCEMENT OF PROTEIN ...ACCORDING TO THE AUTHORS THE N-TERMINAL PART IS A GB1 TAG USED FOR ENHANCEMENT OF PROTEIN SOLUBILITY. THEY CHOOSE TO DEPOSIT ONLY THE C-TERMINAL PART OF THE SEQUENCE CORRESPONDING TO DNA POLYMERASE IOTA. THESE 2 SEGMENTS ARE LINKED BY THE RESIDUES GSDE

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution Structure of the Ubiquitin-Binding Motif of Human Polymerase Iota
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D (H)CCH-TOCSY
1213D HNCA
1313D HN(CA)CB
1413D HN(CO)CA
1513D HNCO
1613D HN(COCA)CB
1713D 1H-15N NOESY
1813D 1H-13C NOESY

-
試料調製

詳細内容: 1-4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] D2O-1, 1-4 mM [U-100% 13C; U-100% 15N] H2O-2, 100% D2O
溶媒系: 100% D2O
試料
単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMD2O-1[U-100% 13C; U-100% 15N]1-41
mMH2O-2[U-100% 13C; U-100% 15N]1-41
試料状態イオン強度: 0.1 / pH: 7 / 圧: ambient / 温度: 25 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA8001
Varian INOVAVarianINOVA6002

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore構造決定
X-PLOR NIH2.19Schwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 40 / 登録したコンフォーマーの数: 25

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る