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万見
- PDB-2khm: Structure of the C-terminal non-repetitive domain of the spider d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 2khm
タイトルStructure of the C-terminal non-repetitive domain of the spider dragline silk protein ADF-3
要素Fibroin-3
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / alpha helix / homodimer / swapped
機能・相同性Spidroin domain, C-terminal domain / Spidroin, C-terminal / Major ampullate spidroin 1 and 2 / Spidroin, C-terminal domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Fibroin-3
機能・相同性情報
生物種Araneus diadematus (オニグモ)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model detailsminimized average, model 1
データ登録者Hagn, F.X. / Eisoldt, L. / Hardy, J.G. / Vendrely, C. / Coles, M. / Scheibel, T. / Kessler, H.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2010
タイトル: A conserved spider silk domain acts as a molecular switch that controls fibre assembly
著者: Hagn, F. / Eisoldt, L. / Hardy, J.G. / Vendrely, C. / Coles, M. / Scheibel, T. / Kessler, H.
履歴
登録2009年4月9日登録サイト: BMRB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02010年4月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / Database references / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / pdbx_nmr_software ...pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name ..._pdbx_database_status.status_code_cs / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fibroin-3
B: Fibroin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,6592
ポリマ－26,6592
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)21 / 50structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1minimized average

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要素

#1: タンパク質 Fibroin-3


分子量: 13329.741 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 513-636 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Araneus diadematus (オニグモ) / 遺伝子: ADF-3 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q16987
Has protein modificationY
配列の詳細THERE ARE CONFLICTS BETWEEN SEQRES AND SEQUENCE DATABASE. THE AUTHORS BELIEVE THAT THE SEQRES IS ...THERE ARE CONFLICTS BETWEEN SEQRES AND SEQUENCE DATABASE. THE AUTHORS BELIEVE THAT THE SEQRES IS CORRECT AND IS THE TRUE IDENTITY OF THESE RESIDUES AND IS NATURAL MUTANT.

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
詳細: Solution structure of the C-termial non-repetitive domain of spider dragline silk protein ADF-3
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1142D 1H-15N HSQC
1212D 1H-13C HSQC
1313D HNCO
1413D HNCA
1513D HN(CA)CB
1613D CBCA(CO)NH
1713D HN(CO)CA
1813D HN(CA)CO
1913D (H)CCH-TOCSY
11043D HNHA
11143D HNHB
11213D CCH-COSY
11313D C(CO)NH
11443D 1H-15N NOESY
11513D 1H-13C NOESY
11613D CNH NOESY
11743D NNH NOESY
11813D CCH NOESY
11922D 1H-1H NOESY
1203filtered NOESY

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.5-1.3mM [U-99% 13C; U-99% 15N] NR3-1, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
20.6-1mM NR3-2, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
31mM [U-99% 13C; U-99% 15N] NR3-3, 1mM NR3-4, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
40.2-1mM [U-99% 15N] NR3-5, 95% H2O/5% D2O95% H2O/5% D2O
試料
濃度 (mg/ml)単位構成要素Isotopic labelingConc. range (mg/ml)Solution-ID
mMNR3-1[U-99% 13C; U-99% 15N]0.5-1.31
mMNR3-20.6-12
1 mMNR3-3[U-99% 13C; U-99% 15N]3
1 mMNR3-43
mMNR3-5[U-99% 15N]0.2-14
試料状態イオン強度: 0.02 / pH: 6 / 圧: ambient / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker DMXBrukerDMX6001
Bruker DMXBrukerDMX7502
Bruker AvanceBrukerAVANCE9003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
TopSpin1.3Bruker Biospin解析
Sparky3.11Goddardpeak picking
PASTA0.1Kessler, Gemmeckerchemical shift assignment
TALOS9.4Cornilescu, Delaglio, Baxデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore構造決定
ProcheckNMRLaskowski, MacArthurデータ解析
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra, Clore精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: minimized average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 50 / 登録したコンフォーマーの数: 21 / 代表コンフォーマー: 1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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